辗转赴台——《佛法概论》事件
1952年，印顺法师至香港，刊行《佛学概论》。台湾“中国佛教会”推派印顺法师取道台湾，至日本参加世界佛教友谊会第二届大会。9月，大会结束，法师回到台湾，住在台北善导寺，受聘为导师，受到不同佛教派系的人攻击。攻击者甚至鼓动慈航法师发表文章指责他“想消灭大乘佛教，引入日本佛教，想做佛教界领袖”，虽然经演培法师的调解，慈航法师并没有发表文章，但是风波并没有停息。
1953年，国民党内部刊物登载：“据报，印顺导师所著《佛法概论》，内容歪曲佛教意义，隐含共匪宣传毒素，希各方严加注意取缔。”1954年，台湾“中国佛教会”行文给各地佛教团体，指出《佛学概论》为中国共产党作宣传，要求协助取缔。此后，印顺法师遭到警总与台湾情治单位的注意，被迫写出自白书，自承错误，最终有惊无险，但从此印顺法师行事更为低调。
在台湾创办新竹福严精舍与台北慧日讲堂，成为开山住持。
荣获日本大正大学文学博士学位
1969年（印老64岁），《中央日报》刊载“《坛经》是否为六祖所说”的讨论，引起论辩热潮。印顺法师当时虽然并未参加讨论，但觉得这是个大问题，值得研究。他认为，“问题的解决，不能将问题孤立起来，要将有关神会的作品与《坛经》敦煌本，从历史发展中去认识、考证。”因此参阅早期禅史，于1970年写成了28万字的《中国禅宗史：从印度禅到中华禅》，并附带整理出《精校敦煌本坛经》。1971年6月，《中国禅宗史》出版后，因圣严法师（法鼓山创始人）的推介，受到日本佛教学者牛场真玄的高度重视，并发心将之译成日文。日文译文完成后，牛场先生主动推介印顺法师以此书申请大正大学博士学位。1973年（印老68岁），日本大正大学授予印顺法师文学博士学位。这是中国佛教史上第一个比丘博士。但因他接受日本的博士学位，也遭受到台湾佛教界部份人士的攻击，但印顺法师不以为意。
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