宝相寺发现佛牙的消息震惊了世界。在专家认定、学者考证、僧俗供奉的同时，也有人持否定态度。否定意见来自当时的中国佛协。赵朴初认为宝相寺发现的神奇佛牙动摇了神圣佛牙“独一无二”的地位，并亲自批示：“连影骨都不宜宣传！”究其深层缘由，一是斯里兰卡对中国“又发现一颗佛牙”表现出过敏性紧张，引起“恐慌”和不满。有记载六百年前斯里兰卡神圣佛牙被郑和“抢走”，但是否归还没有记载；二是缅甸佛界对“佛牙究竟有几颗，孰为真”的问题表示“迷惑”，提出质疑。为避免不必要的外交磨擦，维持数十年来与东南亚佛教国家在佛牙问题上达成的默契，有关部门和中国佛协以宝相寺发现的佛牙为“旁说”匆匆结论。

1995年4月4日，有关部门和中国佛协针对宝相寺佛牙的大体意见是：

宝相寺出土的佛教圣物佛牙在国内外产生了较大的影响。但佛教经典《金刚经》、《大涅槃经》记载世间只有两颗佛牙，中国只有一颗，1952年在特定的历史条件下已向全世界宣布。佛牙有一不可有二。

宝相寺出土的文物是国家一级文物，是稀世国宝，是佛教高层次圣物，一次发掘数百颗舍利举世无双。可宣传发掘了佛舍利，是佛教圣物，稀世文物，是数量最大的佛舍利发掘。不论是从佛教和文物发掘上均具有重要的现实意义和深远的历史意义。——从而肯定了舍利等出土文物的价值。同时对中都顾全大局，为维护局面尊严做出的重大贡献“表示谢意”。

1995年4月9日，中国佛教协会发表声明：

前一时期，有关新闻单位就山东汶上县佛教圣物有一颗“佛牙”一说，作了报道，引起国内外的广泛关注。中国佛教协会近日就此事发表声明指出：有关出土佛牙的报道失实，所谓“佛牙”并非真的佛牙。

根据佛教经典记载，释迦牟尼入灭荼毗（火化）后，有两颗佛牙留在人间。一颗传到斯里兰卡，一颗传到当时的乌苌国，（巴基斯坦境内），后由乌苌国传到于阗（今我国新疆和阗县）。五世纪中，南朝高僧法献（公元424—498年）西游于阗，将此佛牙请回南齐首都，即现在的南京供养。隋代统一，佛牙被赍送到长安。五代时期，中原兵乱，佛牙辗转到当时北方辽代的燕京，即现在的北京。

《辽史（卷二十二）道宗本纪》载，咸雍七年（公元1071年）8月将佛牙安置“招仙塔”。1900年，八国联军侵入北京，“招仙塔”被毁，在塔基中发现佛牙舍利；珍藏佛牙的木盒题记，与辽史记载完全符合。这是佛牙舍利到北京的来源，受到佛教界和周恩来总理的肯定。此佛牙现存于北京西山灵光寺的佛牙塔内。

中国佛教协会声明说，在历史上，由于众多信徒对佛牙的崇拜，我国流传着许多关于佛牙的旁说。解放后，不少地方也有所谓出土佛牙的传闻，由于与经典记载相矛盾，都被作为旁说予以否定，“山东省出土的‘佛牙’亦属此例，有关报刊的报道失实”。
一时间，佛牙问题陷入尴尬境地。

事实上，宝相寺发现的神奇佛牙石破天惊，对“佛牙只有两颗说”和世人熟知的两颗神圣佛牙提出了严峻挑战和新的研究课题。应该特别注意的是，声明否定了北宋佛牙说。“三朝御制佛牙赞”在佛牙史上绝对是一个不可或缺的重要环节，割裂历史显然是不智的。大相国寺法华院和西塔院的两颗佛牙无论是宗教研究还是历史研究向来受到重视：一是来自宋太祖自洛迎取的毗沙门天王太子佛牙；其二就是见沈括《梦溪笔谈》记载的咸平佛牙。脱离历史的主观臆断只能是极左思想遗毒下的形而上错误。

神圣佛牙与神奇佛牙的同时存在本来不是对立矛盾的——一千二百年前的大唐长安城四大寺院就同时开“佛牙供养会”，九百年前的北宋大相国寺也同时供奉过神圣道宣佛牙和神奇悟空佛牙。如果非要追究谁是“旁说”不可，还要让事实说话，等历史检验。