1987年4月，封闭一千多年的神秘地宫之门被打开，里边金碧辉煌，千年古物熠熠放光。经测量，地宫长21．21米，面积31．84平方米，是国内迄今发现的佛塔地宫中最大的一个。地宫基石皆雕成仰莲瓣形，取塔建于莲座之上。地宫共有四道门，门上雕有天王护法像、莲花等，色彩鲜艳。门楣上绘有姿态各异的瑞鸟朱雀。前室发现了《大唐咸通启送歧阳真身志文碑》和《监送真身使随负供养道具及恩赐金银器衣物帐碑》，这两通碑不仅是研究法门寺历史，而且是研究唐朝佛教的重要资料。从地宫发掘了四枚佛指骨舍利，一枚置于嘉陵频伽纹壶门座银棺中，一枚置于双凤宝盖纹银棺中，还有一枚置于唐懿宗供奉的八重宝函中。这是套装的八重宝函，从里向外第一重是宝珠顶单檐四门纯金塔，塔庭银柱上套置佛骨舍利。发掘的真身舍利“秘藏”于一普通的铁函里。打开铁函，里边是盝顶银函，上有45尊造像和“奉为皇帝敬造释迦牟尼佛真身宝函“的錾刻，再里层是银包角檀香木函，木函内放置着一具嵌宝水晶椁，真身佛指就安放在椁内的壶门座玉棺中。地宫出土的佛指舍利，是世界上目前经过考古科学发掘，有文献和碑文证实的释迦牟尼真身舍利，是当今佛教界的最高圣物。 法器中最珍贵的是三枝锡杖。单轮十二环迎真身金银花锡杖、双轮六环铜锡杖和双轮十二环金银锡杖。其中双轮十二环金银花锡杖长1.96米，重2.39公斤，用金2两，银58两，比藏于日本正仓院号称“锡杖之王”的白铜头锡杖还要大。锡杖尊体由复莲八瓣组成，锡杖下端有三栏团花纹饰，栏之间以珠纹为界，极为精细。杖身中空，通体衬以缠枝蔓草，上面錾刻圆觉十二僧，手持法铃立于莲花台之上，个个憨憨可掬，神情动人。锡杖下端缀饰蔓草、云气和团花。杖首用银丝盘曲成双桃形两轮，轮顶有仰莲流云束腰座，上托智慧珠一枚。工艺制作精致，可谓法器中的至宝。

另外，法门寺还存有具有十分重要史料价值的碑刻11块，珍藏佛经六百多卷，其中宋刻《毗卢藏》、元刻《普宁藏》、《秘密藏》等都是极其珍贵的佛经版本。

除与佛教有关的文物之外，地宫里还珍藏有大量的生活用比。如其中的一套制、储、饮金银茶具，是世界上发现时代最早、等级最高的宫廷茶具；七百多件唐朝丝织品有绫、罗、绸缎、纱、绢等多种品类蹙金、蹙银、平锈、贴绣、织金、织银、盘金线等十多种工艺，是世界上古代丝绸品类和工艺品种最多的一次考古发现。另外，地宫中还有25000多枚唐朝货币，其中有13枚玳瑁币，是世界上至今发现的最为珍贵的古代货币品类。

1988年11月9日，法门寺修葺一新，向世界开放。重修真身宝塔高47米，巍峨耸立，仍八棱十三层，从第二层至第十二层，每层共置八个佛龛。地宫内安放着老真身舍利。与以前不同的是，塔内新设有旋转梯可登高远眺。另外，地宫也按原样修复。寺院西侧，新建了法门寺博物馆，博物馆的主要建筑是唐式“珍宝阁”，高25米，共三层，一、二层有汉白玉栏杆环绕，远看如云托出宫殿，气势雄浑，同塔寺互相呼应。馆内珍藏着法门寺地宫出土的唐朝珍贵文物。

法门寺现任方丈净一法师，汪苏宿迁人，1940年出家，师从济宽法师。兼任中国佛教协会理事，陕西省佛教协会理事，宝鸡市佛教协会副会长，扶凤县政协委员。现任监院演峰法师，陕西长安县人，1976年出家，师从常慧法师，毕业于中国佛学院，兼任陕西省佛教协会常务理事。该寺退居方丈澄观法师，辽宁丹东人，1934年出家，现为中国佛教协会咨议委员会委员，陕西省佛教协会副会长，宝鸡市佛教协会会长，陕西省文史馆馆员。