大觉禅师回阿育王寺后，于神宗熙宁三年（1070年）建造了良奎阁，用以供藏仁宗的御书偈颂和英宗的手诏。宋哲宗元佑元年，苏轼撰《宸奎阁碑铭》一文，详述建阁经过。现宸奎阁已毁，《宸奎阁碑铭》尚存舍利殿前。明太祖洪武十五年（1382年），赐名“阿育王禅寺”，称为天下禅宗五山之第五山。明清之际，佛殿数度倾圯。现存寺庙是清康熙十九年（1680年）住持法钟重修。　

今天，阿育王寺内较完整地保存着历代碑碣、石刻以及经藏古籍等文物。有唐范的“常住田碑”、宋张九成撰书的“妙喜泉铭”和元、明、清历代碑额、有唐雕四天王右像、唐贯休画十六尊者石刻、有宋高宗御书“佛顶光明之塔”、宋孝宗御书“妙胜之御”、清乾隆御笔“觉行俱圆”等许多匾额和十大橱“钦赐龙藏”经卷7247卷等珍品。

阿育王寺占地6万多平方米，房屋600多间，建筑面积约3万多平方米。1987年有僧侣70多名。进入山门后，中轴线上依次分布着天王殿、大雄宝殿、舍利殿、藏经楼；东侧有钟楼、念佛堂、客堂、先觉堂、大悲阁；西侧为大坛、祖师殿、傅宗堂、碑阁、方丈室（承恩堂）等建筑。

四周还分布着养心堂、退居室、文物陈列室、引堂寮、拾翠楼、朴青阁、白云竹院、普国塔院等殿堂楼阁。整个寺院古朴庄严，结构完整，殿堂庙宇与苍茫山色融为一体，山因寺增辉，寺为山添色。

2006年05月25日，阿育王寺作为元至清时期古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。