我们也必须指出印顺法师的佛教思维有其内在的问题，这些内在的问题可以归结为下列几点：

（一）在探索佛教究竟义的进路方面，完全凭借着对佛教义理的抉择，并满足于这种抉择的方式。这条进路使得印顺法师的思想与佛教的究竟目的——涅槃解脱的达到，始终有一个难以跨越的隔阂。满足于纯粹的义学研究，最直接的结果只能是成就学术事业，而非佛教最终目的的实现；影响所及，印顺法师的一部分追随者，将原初的宗教热情转入佛学的研究与讲说中，乃至最终以作为学者为荣，不能不说是这一进路的自然结果。

（二）由于印顺法师佛学研究的出发点，就对他所谓的“现实佛教”缺乏认同感，因此他的研究成果对于明清传统佛教一般说来较具有摧毁的力量，而缺乏成就的功能。这就使得印顺的思想与传统佛教之间存在着一道难以跨越的鸿沟。我们知道，一些坚持传统佛教的人对印顺法师的著作相当拒斥，有些甚至禁止徒众阅读他的著作，由此可见这些人感受到印顺思想对他们的威胁之大。传统佛教即使有种种缺点，但毕竟不是一无是处，尤其是净土与禅这两系宋元明清以来中国佛教的主要修行方式，事实上仍然造就了一些伟大的修行者。佛教的义学如果不能帮助或促进既存的佛法修证之道，从佛教义学本应具有的功能来看，不能不说是一项缺陷。举一个最明显的例子，广钦老和尚是光复以后来台，对台湾佛教信徒有广大感召力的修证有得者，他所弘扬的禅与净土难道不也是出自甚深般若而呈现出的纯正的佛法吗？然则印顺法师的论述，尤其是他对传统的禅与净土的否定性的论述，如何与广钦老和尚这位出身于闽南佛教的修行者相沟通、相促进呢？同样的道理，其他传统教派，如何从印顺法师那里获得启发，而仍然能继续自己的传统呢？印顺法师的义学研究缺乏这个功能，那么无疑地，这道鸿沟也将是由他的思想的内在性格所造成的缺憾。

（三）再从印顺法师最终所肯定的理想的佛教形态来看，此即他所谓的“人间佛教的人菩萨行”。印顺法师继承太虚大师的思想，提出契合时代理性人文思潮的人间佛教，当然是值得赞叹的，然则我们也必须看到，他所提倡的人乘的菩萨道或凡夫的菩萨行，浅化了大乘菩萨道。这种浅化菩萨道的倾向，尤其明显的表现在他将重视佛法之契证的宗派，如禅宗，批评为“小乘急证精神的复活”。精勤断除三毒乃是佛法的根本精神，对此而加诸小乘的贬抑性的字眼，岂是合宜的？对修证倾向的怀疑与贬抑，正是印顺法师的人间佛教所以为浅化，而不符大乘菩萨道真精神的根本原因。而浅化的菩萨道，可以说是俗化的佛教的土壤和促进剂，今天台湾佛教界俗化浅化的风气弥漫，可以说与这样的人间佛教的影响不无关联。