依统治者的不同，台湾地区的历史可以概分为明郑时期、清领时期、日据时期以及二次世界大战迄今的国民政府时期。日本据台以前，台湾基本上是由中国闽粤两省移民所构成的社会，而彼时传入的佛教也是明清时代中国南方的佛教。

佛教史学者蓝吉富先生曾经提出“明清佛教”这个概念，认为明清两代乃至于民国以后流传于中国的传统佛教，与隋唐佛教和宋元佛教都有性格和内涵上的差异，因此如果像惯常那样，以隋唐时代的佛教来理解当前的传统佛教将会有许多误差，因而提出“明清佛教”这个概念来描述中国近代佛教的基本样相。

明清佛教的特质，学者可以从政治、经济、教团、宗派、教义、民俗等等各个方面来作考察和研究，这里仅指出它的一个明显的特征，就是庶民佛教的影响强过了教义佛教的发展。这个特征可以从两个侧面来观察，一是义学不兴，所谓“义学不兴”主要是说明清时代的义学研究没有创造性，大致是“三教合一”、“禅净合一”、“教在华严，行在净土”之类的综合与重复。二是佛教的民俗化脱轨的发展，使佛教的信仰型态与教义的距离日益加大，佛教成为民众性、世俗性而精神内涵模糊的庶民信仰。日据时代以前的台湾佛教基本上是这种佛教的移植。

至于日本据台后的佛教，虽然日本据台五十年，但是日本佛教对于台湾的影响十分微小。据陈玲蓉女士《日据时期神道统制下的台湾宗教政策》的研究，日本据台（一八九五年）之初，日本佛教各宗的布教师以注重为有钱的日本人服务为重心，忽略对台湾人的布教。受到一九一五年西来庵事件的影响，殖民当局开始注意监控台湾本地的宗教，台湾佛教界也认为有必要倚靠日本佛教在政治上的保护而双方开始接触，一九二一年成立了“南瀛佛教会”。但是一直到一九三六年，由于总督府实行具有破坏性的“寺庙整理”工作，台湾的许多寺庙庵堂为了生存，纷纷请求日本佛教施予援手，有的则并入日本佛教，接受保护，此时日本佛教才有机会吸收较多的台湾人信徒。即使如此，据“台湾总督府”的统计，一九四一年底佛教各宗在台的信徒人数，共九万六千二百零五人，且其中日本人占大多数，台湾人仅有二万八千零三名，而这时已是日本殖民统治的末期（一九四五年台湾光复）。由此看来，日本佛教在台湾的布教，确是十分贫寂的。因此陈玲蓉的结论说：“在一般台湾人心中，主导其思想、信仰走向的，仍是传统的台湾宗教。”