经历了清初佛教的短暂兴盛，到了清中期以后，以禅宗为代表的佛教在全国范围内呈现出不可避免的衰落趋势，澳门佛教的发展也陷入停滞。到了清末及民国初年，随着大陆佛教复兴运动的蓬勃兴起，澳门佛教出现了第二次高潮。

澳门佛教在近代的发展，首先表现在寺院的普遍重修和扩建上。寺院是佛教活动的主要场所，寺院的多少和规模在一定程度上反映了佛教的兴盛或衰落。普济禅院经过大汕的重修之后，清嘉庆戊寅年（1818）又重修了一次。经过这次重修，禅院已颇堂皇，但内部左右偏殿，还未有西厅各堂，东厅亦只有数楹，僧舍过少，名实未符。到咸丰年间，历经40年的风雨侵蚀，詹牙殿角，已呈飘颓。当时住持畅澜和尚发起募捐，于咸丰八年戊午（1858）大事重修，东偏拓展园亭，增建僧舍，西厅各堂及地藏殿亦相继落成。今日所见的普济禅院，其大致规模，即于是次重修扩建而奠定。

另外，澳门佛教净土宗寺院菩提禅院（约始建于1933年）和无量寿功德林（始建于1925年）皆始建于本世纪二三十年代，属于澳门禅宗另一重要派别临济宗的寺院药王禅院（始建于1933年）和竹林禅院（始建于1911年）亦创建于这一时期。

观音信仰是澳门佛教的重要组成部分，澳门观音庙的修建和扩展与佛教的发展状况是同步的。这一时期，在澳门本岛及离岛新建的观音庙有位于氹仔的观音岩庙（建于1871年）、位于氹仔墟的观音堂（约建于1902年）等，位于路环九澳的观音古庙也于1839年得以重修，位于澳门旺厦的观音古庙更是于1867、1876和1882年数次重修。这一现象在一定程度上也反映出佛教在近代澳门的兴盛与发展。