创建于明崇祯五年（公元1632年）的普济禅院，是澳门本土佛教有史可考的最早纪录。关于普济禅院的始建年代，众说纷纭。有人认为该寺创建于明天启年间，其根据是院内存有一块名为“祀坛”的碑石。据说该碑石“高逾四尺，是花岗岩石，俗称麻石，中间刻着‘祀坛’两个大字，两边各有一行小字，一为‘天启七年七月吉日立’，一为‘南邑许望官喜舍’。”又据说，此小屋位于今普济禅院的慧因大师纪念亭一端，属游人止步的范围。屋内还有两块重修望厦祀坛碑记：一块立于清朝道光十三年（公元1823年），另一块立于清朝光绪八年（1882），碑石上刻着：“普济禅院祀坛之建创自明天启七年闽省南邑许望冠所造也向在院外之右”，“道光十三年集众捐资重修……将祀坛迁建于院内之花园俾香烟有赖且可免设司祠之人。”其实，此“祀坛”原本就不是普济禅院之物。据邓《志》卷三《坛庙》说：“坛则不屋，达天阳也；庙则不坛，兼人享也；幽明屈伸之义也。国之大事在祀与戎，祀事孔明，后世所忽……”申《志》卷二《坛庙》所记与邓《志》基本相同。由此可证，此祀坛的确本非庙中之物，本来是村民用来祭祀无后的孤魂野鬼的，在方志中的正名为“厉坛”。又有别名为“义祀坛”或“无祀坛”，如莲峰庙旁的祀坛便有此称。所以，此祀坛虽然现存于望厦普济禅院的花园内，但其最初实与禅院无涉，其纪年不可作禅院创寺之证，但却可以为望厦村开村年代之证。由天启七年“祀坛”之碑石，可证望厦正式开村立坛就在天启七年。此“祀坛”其实就是设在望厦村村口的社稷坛，所谓开村立社，两者应是同时进行的。但自清道光以后至现在，人们便一直误认为祀坛碑是属于普济禅院之碑，其根本原因就在于清末以来已很少人知道明至清前期所实行的“坛则不屋”和“庙则不坛”的原则了。因此才有为坛加屋甚至把坛搬入庙内的现象出现和流行。再说，祀坛的性质和含义本身更可证明其本非崇拜观音的观音堂，亦即普济禅院所应设的。

既然不能以“祀坛”的年代确定普济禅院的始建年代，那么，前述该院建于崇祯五年的说法根据何在呢？证据有二：一是普济禅院大雄宝殿古铜钟。李鹏翥在《澳门古今》中说：“普济禅院的大雄宝殿，庄严宏伟，内供三尊三宝佛像，俱是丈八金身，魁梧奇伟；旁悬一个大铜钟，古色斑驳。原来这个铜钟在《香山县志》中有所记载：‘普济禅院钟款，右钟在澳门望厦村，款云：崇祯五年。’”若此说属实，则此庙始建之年当为崇祯五年（1632）。因为铜钟应是立庙的基本必须用品之一，而且是长久性的耐用品，故开光启用后无特别原因就不会更置。二是普济禅院后山的普济寺普同塔。据普济禅院上任住持慧因在塔后的碑志上称：“本山自天启三年由循智祖师斥衣钵资购下，崇祯五年建斯普同塔。雍正癸卯比丘天树、乾隆丙午比丘静持、同治癸酉比丘畅澜均重修之。至民国丙子，塔渐颓毁，比丘遐龄、比丘济航经营之，遂成今观焉。”此碑志所提供给我们的明确信息，正如《澳门宗教》的作者之一郑炜明所说：“由此碑志我们可以推知普济禅院或最迟于明朝天启三年（1623）起已开始经营，创院祖师为循智大师，而普同塔则始建于明崇祯五年（1632），立志的慧因大师乃普济禅院的前任住持，他的说法应该可信。”至于普济禅院的创建时间，虽无明示，但给我们提供了一些线索。创院祖师循智大师于天启三年开始斥资经营，九年之后即崇祯五年，普同塔建成，这一时间恰与普济禅院大铜钟的款文相符。我们是否可以作出这样的推论：普同塔的建成时间就是普济禅院的落成时间，同在崇祯五年。这样规模的一座寺院，从筹划至建成，历经九年时间，是完全可能的。而若因此认为“寺庙建于明末天启年间，1623年投入使用。”则显然属于误断。

普济禅院是澳门最古老巨刹，历史悠久、规模宏大、建筑雄伟。《澳门纪略》曰：“旧有普济禅院。”《香山县志》亦云：“普济禅院在澳门望厦村。”普济禅院，原名观音堂，在昔日望厦村的东面，因供奉观音菩萨而得名。在望厦村的西面，原有一所观音古庙，是土著村民所建，规模较小，每逢观音诞辰，只许本地村民膜拜，排挤外地信众，因此当时居澳的福建籍人士便发起建成比原古庙更为轩昂的观音堂。观音堂建成后，三百多年来，几经扩建，终于发展为规模巨大、庄严宏伟的普济禅院。