1988年12月，李元松在《我们需要什么样的佛法》中，在赞叹印顺在理性、人文方面的贡献时，提出我们需要“重视禅定的佛法”的呼吁。差不多在同一时候，李元松在接受《新雨》杂志张慈田访谈时，提到印顺在《谈入世与佛学》一文中曾批评中国佛教理论的特色是“至圆”，修行方法的特色是“至简”，修证的特色是“至顿”，他的批评对象包括禅宗，这是他读《妙云集》时，感到最不以为然的。李元松直截了当地指出“印顺法师间接影响禅的式微”，印顺将“禅”列为真常唯心系，且含有外道思想，他说：“我觉得印顺法师对禅（包括对密教、对净土）的批评并没有深及禅的内在生命。换句话说，印顺法师对禅的批评只停留在表面的思惟层次。”在1993年5月所讲的一篇《从为什么提倡现代禅到现代禅未来发展方向之我见》一文中，李元松认为印顺提倡的“人间佛教”即人乘的菩萨道或凡夫的菩萨行，浅化了大乘菩萨道。他认为：“人是充满贪、嗔、痴、慢、疑、邪见等烦恼的凡夫。”故对以凡夫——人乘为本的菩萨行是否符合大乘佛教本意，表示怀疑。

温金柯指出：印顺的研究成果，对于明清传统佛教一般说来具有摧毁的力量，而缺乏成就的功能。他继承太虚思想，提出契合时代理性、人文思潮的“人间佛教”，当然是值得赞叹的。但他将重视佛法之契证的宗派，如禅宗，批判为“小乘急证精神的复活”。对修证倾向的怀疑与贬抑，正是印顺的“人间佛教”，所以为浅化，而不符大乘菩萨道真精神的根本原因。而浅化的菩萨道，可以说是俗化的佛教的土壤和促进剂，今天台湾佛教界俗化浅化的风气弥漫，可以说与这样的“人间佛教”直接间接的影响不无关联。

温金柯把接受印顺影响的佛教徒，因修证之学缺乏所造成的困局，分成三种类型：

一、把宗教热情转移到学术研究上，这毋宁是一种歧出。

二、不以义学为满足，而仍有修证渴求的印顺追随者，由于很难在印顺著作中获得有效可行的修证指引，便仍然乞灵于传统佛教的修行方法。（如圣严法师在其自传中宣称认同印顺法师的思想，但却以“禅”的指导者的面貌出现在佛教界。）

三、乞灵于外国佛教，特别是南传佛教。近五六年来，标榜原始佛教或南传佛教的团体在台湾出现。这一类团体以“新雨佛教文化中心”为代表，后另有宋泽莱所领导的团体随之呼应。基本上以受过印顺《妙云集》启发的青年知识分子为主，然他们无法理解和认同印顺对大乘法义的诠释，又反过来批评印顺法师。这一派别，在台湾佛教界是以质疑大乘和中国传统佛教而另起炉灶的姿态出现的，它可以说是印顺法师与明清佛教的鸿沟的进一步具体化，乃至达到了分道扬镳的地步。