明天启四年至永历十五年之间（1624─1661）荷兰以其政治及经济力量在台湾南部先住民之间传播基督教。公元1636年开始大陆地区有人到台湾来开垦土地，种植米、蔗、靛菁。至公元1640年移民人数达到一万一千人左右，此后随着中国大陆政局的演变，移民人数或增或减，根据C.E.S——一般人认为这是最后一任台湾长官揆一（F.Cooyett ）的化名所发表的《被遗误的台湾》一文的记载，在台湾缴交人头税的大陆人约有二万五千人，加上妇孺当在五万人以上。荷兰人占领澎湖之后，日渐增加的汉移民在今天台南市区兴建了崇祀医神吴真人（又称大道公、保生大帝）的慈济宫（又称真君庙、关山庙）也有明确的记载。

“大众信仰”随移民东渡，盛行于闽粤的佛教也于是时随缘来台，应是合理的推论。台湾佛教史之展开，若就信实之史料而言，当自郑氏延平王东迁始。据延平王户官杨英怔实录，永历八年九月清以海澄公敕印招成功降，并遗其弟持芝龙书劝之，在十七日条下有如下记载：二使到安平镇，发吕太礼物不只就布帆安驻诏敕。藩见其意不善，不肯受诏。又藩复禀与太师（芝龙），禀内：

“九月十一日即回，儿嘱其致意诏使，约期相面，而诏使忽于九月十七日遂到安平，盛设供帐于报恩寺安顿，乃诏使不敢住宿，哨马四出，布帆山坡”云云。由此可以想象郑氏与佛教不无接触。

至于郑氏时期所建之寺庙，可以认为佛教寺院者，根据清代之各府县志记载如下：在宁南坊有观音堂、准提堂，在镇北坊有观音亭、万福庵、赤山堡、六甲之龙湖岩等六处。而在家居士对于佛教有修养者，多为明末遗臣，痛心亡国，不愿再仕，乃变服为僧，或终身持斋，或终日诵经自娱，如沈光文自文开，少比明经贡太学，福王元年授太常博士，闻贵王立粤中，走肇庆，累迁太仆哨卿，永历三年来台，其后为人进谗，几遭不测，故变服为僧。李茂春字正青，隆武二年举孝廉，善属文，永历八年来台，卜居永康里，日讼佛以自娱。林英字云义，崇祯中，次岁贡知昆明县事，后祝发为僧，间道至厦门，入台湾。张士郁，崇祯六年副榜，明亡入山，耿精忠之乱后入台，居东安坊，持斋念佛，倏然尘外。另有明鲁王女，聪慧知书，工刺绣，适南安儒士郑哲飞，生一男三女，夫殁来台依宁静王以居，晚年持斋独处，邑人钦之，以为女师。前述六人，实开台岛在家学佛之先河，且为台湾早期佛教史之珍贵一页。