普济禅院自1623年创立后，1632年(崇祯五年)建普同塔，规模渐大。另有史载，明末清初的反清义士、诨名石头陀的大汕和尚，曾募捐重修毁于战火的禅院。大汕和尚，祖籍江西南昌人，16岁在苏州落发为僧，曾参与反清斗争，有《离六堂集》、《海外纪事》等著作传世。大汕画像在祖师堂中，有撰联颂曰：“长寿智灯传普济，峡山明月照莲峰。”大汕之后有畅澜法师于清咸丰年间再度扩建，奠定了今日规模。当时，高僧辈出，多才多艺，现寺内还保存有明末清初寺僧迹删、天然和尚的书法诗轴。到清末民国年间，又有高僧遐龄、济航等人重修禅院。济航法师是30年代的住持，于1929年重修寺宇，于1939年病逝，继任者即慧因法师，是中兴禅院和澳门佛教的有大功者。慧因法师住持禅院50年，于1979年圆寂。法师德才兼备，利生济世。抗日战争期间，他积极支持文化界革命者高剑父、关山月等人文艺抗战，提供食宿，并资助关山月办“抗战画展”，产生良好的社会影响。他一生倡导佛教与社会文化结合，使普济禅院成为澳门著名的文化胜地，闻名海内外。1980年，现任住持机修法师为“慧因大师纪念亭”撰联：“定力修持成就人天功德海，庄严法像远观尘刹众生心。”准确反映了慧因法师的大乘心行，也揭示了该禅院的佛法风格。

禅院内现存济航法师所书石碑，标明禅院遵习慧能南禅，属曹洞宗系：

戊辰年仲春吉日，洞宗第三十六世敬老大师之墓　比丘济航重修立石。

洞宗即曹洞宗简称，明末清初流行于广东。普济禅院与广东鼎湖山庆云寺、丹霞山等佛教重地保持密切关系，由此深刻影响了整个澳门地区的佛法风格。40年代，虚云和尚到澳门讲经说法。50年代，广东南华寺高僧观本法师也曾到澳门说法。寺内现存有清初迹澹法师手书的《丹霞日记》及行书条幅，中有：

一脚踢倒净瓶，说甚法身向上。

张家不使李家钱，李家莫算张家帐。颇具禅机，生动体现了洒脱率真的禅风，也为历代高僧援佛入世、多才多艺、导俗利生的现实主义实践，作了理论之诠释。

现在，普济禅院常住僧3人，其余多为挂单僧。现任方丈机修法师是土生澳门人，本禅院出家，在广东鼎湖山庆云寺受戒。他曾多次到祖国大陆访问，是澳门基本法起草委员会委员，为1987年赴京参加中葡澳门问题联合声明正式签署仪式的观礼团49名成员之一，是澳门佛教界的唯一代表。