亲鸾撰《教行信证文类》六卷，作为创立净土真宗的根本圣典。真宗以净土三经（《无量寿经》、《观无量寿佛经》、《阿弥陀经》）为依据，崇奉印度的龙树、世亲以及中国的昙鸾、道绰、善导为祖师，加上日本的源信、源空两位，并称为三国七祖。因为该宗号称是继承唐代善导大师的“本愿”思想，故称本愿法门。本愿法门与一般净土法门差异在于独举《无量寿经》中阿弥陀佛四十八大愿之中的第十八愿，即“我作佛时，十方众生，闻我名号，至心信乐。所有善根，心心回向，愿生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆，诽谤正法。”甚至进一步判四十八愿中，独十八愿真实，余皆虚假，故而称本愿。在此思想基础上，真宗强调末法众生都是下劣罪人，绝无自度的能力，唯一的希望就是依第十八愿，由阿弥陀佛救度而往生西方净土。由于本愿，只要具信，皆得往生，不必精进念佛，念佛只是报恩之举。故此，本愿法门不要求严持戒律，亲鸾本人就曾破戒娶妻生子。今天，日本净土真宗寺院的“僧人”都是结婚生子，子传父业的。此外，本愿法门还有一个相当独特的观点，即“善人尚能往生，何况恶人哉”的“恶人正机”说。

从历史上看，本愿法门的形成和传播应该是日本佛教本土化、平民化的一种尝试。我们知道，当年鉴真大师东渡日本，目的之一是给日本天皇传戒。这就反映了当时来自中国的佛教各宗如天台、律宗都是相当宫廷化的，佛教主要限于上层统治者和武士阶层中，下层人民如渔夫、农民较难有机会亲近佛法。这样，本愿法门提出的“恶人正机”等主张，就使得难以受持基本五戒的众多下层人民也有被救度的可能。然而，本愿法门也因此和中国民间一些附佛法外道（如白莲教等）一样，沾染了一定的政治色彩。在日本历史上，就曾爆发过多次真宗农民起义。