厦门佛教与台湾佛教法脉相承联系密切，近年来，两岸佛教交流日益密切，规模较大的交流活动达十三次，其中厦门佛教界人士六批次近三百人次赴台湾、金门交流，台湾、金门、澎湖佛教界人士七批次近一千人次到厦门交流。2003年7月，海峡两岸暨港澳佛教界祈福大法会在厦门举行，中国佛教协会会长一诚法师、台湾佛光山星云长老、台湾中佛会净良长老、香港佛教联合会觉光长老、澳门佛教总会健钊长老及中佛会副会长兼秘书长学诚法师等参加了法会。大陆、台湾、香港和澳门的佛教四众弟子汇聚一堂，共同为降伏“非典”，国泰民安、祖国统一、世界和平祈福。

2004年6月，厦门南普陀寺组成以中国佛教协会副会长圣辉大和尚为团长的六十六人法务团，参加主持金门有史以来最隆重的水陆大法会，两岸佛教界首聚金门祈祷世界和平，人民幸福。去年五月一日晚，厦门、金门、澎湖三地佛教界在厦门南普陀寺举办首届海峡两岸“温馨之夜”传灯祈福法会，金门佛教会理事长性海法师、澎湖佛教会理事长心航法师率一百四十四名佛教界人士参加法会。今年初，厦门市佛教界为遭受冰雪灾害地区捐款，金门县佛教理事长性海大和尚专门乘船送来五万元善款，体现了海峡两岸佛教及人民的友情。 

2007年10月，厦门市基督教青年会与上海市基督教青年会、台中市基督教青年会联合举办以“四海同歌”为主题的海峡两岸基督教青年音乐会，海峡两岸三市的演员相聚厦门同台演出，成功推动了两岸基督教界的交流。今年四月，厦门市组织基督教界人士首次赴台交流，增进了两岸基督教界的同胞情谊。 

日趋热络的两岸宗教和民间信仰交流，进一步加深两岸人民的亲情和友情，而厦门正成为这一交流中重要的通道。