异种基因转殖不但引起俗世伦理学界的若干质疑，同时更带来了宗教伦理层面的困惑。前述对基改动物与基改植物之种种质疑，由于攸关人类、土地、生态环境的安危，当然同样受到各种宗教的质疑。

除此以外，宗教界所特有的伦理疑虑如下：

一、基改食物使某些宗教信徒可能会误食禁用品。例如：将猪的基因转入牛中，使得伊斯兰教徒可能误食猪肉而不自知。将动物基因转入植物中，可能使包括佛教徒、一贯道道亲与动保人士在内的素食者，深受困扰。

二、将人类基因转入动物以制作食品、药品乃至人类器官，或是采用含人类基因的生物体作为动物饲料，则该动物与生物体将混淆了人类的独特性，这对以人为‘位格’之存在的基督神学，已构成了一项难题。亦即：利用‘它们’到底有没有侵犯人的神性？

三、由于基督宗教是创造论，主张唯神能创造万物，所以基因转殖以制造新种动物或植物，在某些严格诠释‘造物’角色的神学家看来，都是在干犯着神的权力，扮演著“上帝”的角色。

四、包括基督宗教或道家思想，都重视‘自然’的价值。因此类似‘干犯上帝’的指责是，基因转殖‘违反自然’。

然而什么是违反自然？人类的疾病治疗、生态控制、连体婴分割、兔唇矫治、变性手术等等正面贡献，岂不也都是都违反自然吗？‘违反自然’的定义与范畴，显然不容易厘清。再者，对于无神论者或非基督徒而言，如果连‘神是否存在’都已不能肯定，如何能信服‘人有神性’或‘人创造新生物，就是干犯上帝的权力’的这类说法呢？

至于人的独特性，就俗世伦理而言，或许并无依‘神性’以证成的必要，只要证明人有动物所不具足的‘理性’，即可划出一条保护人类的底线了。然而这种判准，却无法获得佛教与动物解放运动者的共识。

基改作物确实会让宗教信徒产生误食禁用品的困惑。但吃了含有动物基因的植物，是否就等于佛教所定义的‘杀生’？此则另当别论，因为杀生必须是使动物的命根断除，而动物基因并不等同于动物生命，在有取识（梵sopadana-vijJAna）不执受的情况下，动物基因植入植物受体内而被人摄食，是不会引生植物痛楚的。

因此，宗教伦理与俗世伦理最有交集的部分，可能还是前述对基改科技攸关人类、土地与生态环境的安危之种种质疑。

基因转殖科技的伦理探索

笔者先前所陈述的，有关基因转殖科技所引生的争议，就俗世层面而言，争议两造都不约而同使用着伦理学中效益主义（Utilitarianism）的理论，亦即‘最大化效益原则’。所不同者，只是两造对‘何者方为最大化效益’的认知。由此亦可看出‘效益主义’的瓶颈，亦即：