经历了清初佛教的短暂兴盛，到了清中期以后，以禅宗为代表的佛教在全国范围内呈现出不可避免的衰落趋势，澳门佛教的发展也陷入停滞。

到了清末及民国初年，随着大陆佛教复兴运动的蓬勃兴起，澳门佛教出现了第二次高潮。澳门佛教在近代的发展，首先表现在寺院的普遍重修和扩建上。寺院是佛教活动的主要场所，寺院的多少和规模在一定程度上反映了佛教的兴盛或衰落。

普济禅院经过大汕的重修之后，清嘉庆戊寅年（1818）又重修了一次。经过这次重修，禅院已颇堂皇，但内部左右偏殿，还未有西厅各堂，东厅亦只有数楹，僧舍过少，名实未符。到咸丰年间，历经40年的风雨侵蚀，詹牙殿角，已呈飘颓。

当时住持畅澜和尚发起募捐，于咸丰八年戊午（1858）大事重修，东偏拓展园亭，增建僧舍，西厅各堂及地藏殿亦相继落成。今日所见的普济禅院，其大致规模，即于是次重修扩建而奠定。

另外，澳门佛教净土宗寺院菩提禅院（约始建于1933年）和无量寿功德林（始建于1925年）皆始建于20世纪二三十年代，属于澳门禅宗另一重要派别临济宗的寺院药王禅院（始建于1933年）和竹林禅院（始建于1911年）亦创建于这一时期。 

观音信仰是澳门佛教的重要组成部分，澳门观音庙的修建和扩展与佛教的发展状况是同步的。

这一时期，在澳门本岛及离岛新建的观音庙有位于氹仔的观音岩庙（建于1871年）、位于氹仔墟的观音堂（约建于1902年）等，位于路环九澳的观音古庙也于1839年得以重修，位于澳门旺厦的观音古庙更是于1867、1876和1882年数次重修。这一现象在一定程度上也反映出佛教在近代澳门的兴盛与发展。澳门佛教在近代的发展与繁荣，还表现在佛学教育的开展、佛教组织的创立以及佛教出版物的出现。

澳门女子佛学院即始建于这一时期，创办者是香港绅商何东的夫人张莲觉居士。张居士也是一位著名的佛教徒，热心公益，为了改善港澳地区的女子社会地位，于1929年在澳门和香港两地分设宝觉日夜义学校，又在澳门无量寿功德林创办女子佛学院。女子佛学院得到了功德林创办者张玉涛居士的大力支持，招收了数十名港澳学生，在此研习佛学，接受教育。后来由于张玉涛居士出家离职，佛学院无人授课，自行停办。

20世纪30年代末，竺摩法师从内地来到澳门，不久，在澳门创办了澳门佛教界历史上第一份自己编辑出版的佛教刊物——《觉音》月刊，编辑部设在位于三巴仔街的无量寿功德林。《觉音》的创办成为沟通澳门佛教界和内地佛教界的重要桥梁，为澳门近代佛教文化的发展作出了积极的贡献。

由尹法显居士创办的澳门佛学社是澳门最有影响的佛教组织之一，该社曾于1951年8月17日出版《无尽灯》创刊号， 该社社长也是竺摩大师；澳门佛学社在1952年曾开办澳门佛学社佛教平民义学，收学生40余人；1953年又邀得香港的弘经法师至澳门宣讲《心经》。1953年秋天，比丘尼净觉、觉源两师徒创办澳门净觉学社，有学生40余人。

20世纪40年代末，澳门佛教界还有一件意义非同寻常的事情，就是虚云大师的澳门弘法。1947年农历八月初一日，应澳门佛教僧俗释宽如、释宽荣和李民欣居士的邀请，虚云大师来到澳门讲经说法，在平安戏院开示归戒。此次说法，盛况空前，影响甚大，皈依者众多。 

在说法中，虚云首先宣说什么是“法”，认为“法者即众生心，众生心与佛心本无二心。是心具足一切法，即法即心，即心即法”。 然后依次讲三归五戒，“佛虽说种种法门，无论大小乘戒，皆以三归五戒为根本……故三归五戒，是导世之良津，拔苦与药之妙法”。因此，“先释三归，次明五戒”。在对三归五戒的阐述中，他把三归和五戒归结为“一心”与“摄心”，认为，三归“虽名三种三宝，其实唯是一心，更无别法”，若要不犯五戒，“重在摄心，妄心若摄，分别不起，爱憎自无，种种恶业，何由而生”。 

虚云大师的澳门弘法，在近现代澳门佛教发展史上具有重要的意义。