所谓文殊智慧就是由文殊菩萨所表征的大乘般若智慧，但又带有鲜明的文殊个性标识。因为文殊在说法时，往往比佛陀或别的菩萨更直接地趣入“第一义谛”的核心，以使人当下悟入，而非像佛陀那样依众生现前的蕴、处、界循循善诱，次第悟入。两者皆是为适应众生根器的不同而施设的方便法门，没有高下之分，只有对机之别。关于这一点，印顺长老已经在《初期大乘佛教之起源与开展》中做了精到的分析与甄别。文殊，梵意即为“妙”，就是指这种智慧微妙殊胜到不可思议的境地。佛陀在许多场合对文殊的这种“善说深法”赞不绝口，从中既可看出佛陀的胸怀和雅量，也可由此体味出文殊智慧法门的独到之处。毛泽东有一次见到赵朴初，即兴提出了这样一个有趣的问题：“佛教有这么一个公式——赵朴初，即非赵朴初，是不是先肯定，后否定？”赵朴初回答说：“不是先肯定，后否定，而是同时肯定，同时否定。”其实，追根溯源，毛泽东向赵朴初提出的问题，早在两千多年前，佛祖释迦牟尼也同样向“智慧第一”的文殊菩萨提出过。在《楞严经》里，有这样一段经文：“（世尊问）……文殊，吾今问汝，如汝文殊，更有文殊？是文殊者，为无文殊？（文殊答）如是，世尊，我真文殊，无是文殊。何以故？若有是者，则二文殊。然我今日，非无文殊，于中实无是非二相。”佛陀与文殊的问答阐明了这样一个佛家道理：宇宙存在的实相可通过般若智慧去领悟和体证，而不能以“是”或“非”去做简单的区别、判定和说明。因为一说“是”，必然意味着还有相对于“是”的“非”或“不是”；“一切是”是一个极端，“一切不是”又是另一个极端，都是边见。只有离于二边，不落是非，才可达到对实相、真如的证悟。就比如文殊，既不能说“是”文殊，也不能说“非”文殊，不落是非、离于两边的文殊，才是真文殊。佛教的中道圆融之义在此得到集中的体现；另外，《维摩诘经》中文殊对“不二法门”的“说不可说”及“淤泥莲华”、“烦恼佛种”的妙喻，《华严经》中的“善用其心”、“一即一切、一切即一，重重无尽、互摄互入”的灵明妙觉，《文殊师利所说摩诃般若波罗蜜经》中的“无心相而入三昧”的甚深体证等，共同构成了一个本体论、认识论、价值论自足融贯的佛教哲学体系，既集中地反映了大乘空宗的通义，又彰显出文殊智慧的鲜明特色和独有的“家法”。文殊通过妙达“第一义谛”、妙圆“不二法门”、妙入“自在三昧”、妙转“烦恼菩提”、妙言“不即不离”、妙喻“淤泥莲花”的“妙智慧”与空相应，与真相冥，与外相通，与内相融，与人相和，与物相谐，从而大而化之、圆而通之、等而齐之、和而谐之，获得超越之意、圆融之境、自在之法和善转之力，其中彰显出的是一种有机整体观、辩证思维与无限否定的超越精神。

纵观现代科学的发展趋势，大体上是从局部走向整体，从分散走向统一，从孤立走向辩证，从显态走向隐态，从生命走向宇宙。尤为重要的是，愈来愈多的人们认识到，科技的发展与生产力的进步必须要有正确的价值关怀，必须把对外部世界的探索与对内部世界的探索结合起来，从而达到“心物”的辩证统一，由此才有可能缔造一个真正的和谐世界。从这个角度看，文殊智慧“无心而入”的“自性空”体悟与科学通过物论时段、子论时段、场论时段、波论时段以及心物相应的元论时段的实证颇有异曲同工之妙，正如文殊菩萨在《楞严经》中所言：“归元无二路，方便有多门。”；而且依文殊智慧看来，佛的精神，绝不仅仅是理智体验，而是悲智融贯的实证。它既是绝对真理的体现，也是最高道德的完成，是慈悲与智慧的统一，或者说是“爱心中爆发的智慧”。爱因斯坦也站在科学理性、终极自性须与科学德性、科技伦理相结合的角度认为：道德标准与道德价值应该置于科学真理之上；普里高津从“混沌”研究“秩序”，把自然科学与人文哲学统一起来，探索人与自然的新关系。他说：“现在的计量世界是物性世界，真正的品质世界是人性世界，我们应该在自然之中寻找人类价值的保证。”从这些伟大的科学家身上，我们既可以感受到人类智慧的闪光，也可以触摸到科学中的人性温度。由此看来，所谓科学发展观，同时也应该包括“科学应该科学地发展”的另一层内涵。