王季同等以科学家的身分，论证佛法符契科学，以现代科学知识，对古奥的佛法做出令今人容易明了的解释，在帮助、引导人们正确认识佛教、理解佛法上，起了相当大的作用。他们的文字中尽管透露出热忱弘法的感情、信仰因素，但平心而论，他们所列举的佛法与科学相通之点，及佛典中不少与科学发现相符的说法，乃不容否认的事实。当然，佛学与科学，各有其庞大的深奥的内涵，既有相通之点，也有迥然相异之处。两家的异同，是一个十分复杂的问题，须透彻两家之学，并超然于两家之外，方易说清。论证佛法是科学的王季同等科学家，尽管学知渊博，也未必能完全通彻精深博大的佛学，他们所引来解释佛学的科学知识，可能会因科学的进一步发展而显得陈旧乃至谬误；世人所认的“科学”，也并非一致的概念。一味地论证佛法是科学，以科学释佛法，难免片面化及借科学抬高佛学地位之嫌，从而引起一些唯科学主义者、具严格科学思想者及一些虔诚严谨的佛教徒的质疑和驳难。

力倡实证主义“科学方法”的著名学者胡适，乃佛法是科学论的激烈反对者。1930年，王季同将他所撰《佛法与科学》稿本及附录送给胡适看，要胡适发表一点意见，胡适当即撰文，发表于《新月》杂志，公开批评。他很不客气地指责王季同将佛学与科学这两个迥然不同的材料拉拢来做“搭题八股”，这种工作，既非科学家之“求真”，也“终莫能回科学家先人之见。因为科学家自有他的立场，他们在实验室里研究原子、电子、素子，其方法手段与佛学完全不同，即便证明佛经中的极微与科学的粒子说相同，科学家至多不过说：“很难得！古人没有我们的设备，居然敢提出这样大胆的假设！”佛弟子引科学以证明佛法，“至多不过摭拾一二偶合之点，供佛弟子弘法卫道之一助”。佛弟子（包括王季同）尽管撰出科学分析的架子，大谈什么八识百法、因明学，到头来不过是最下流的“陀罗尼迷信”的障眼法，其根本立场是迷信：论证我及物质世界是妄，却深信轮回、六神通、真现量、极乐世界是真。他就王季同文稿中所提出的推理原则反诘：既然王先生以我人所亲历为推论其事必有的前提，那么凭什么相信六道轮回、六种神通、极乐世界是真？请问这几项中有哪一项是你王先生“所亲历者”？王先生也不过是迷信“佛及大菩萨的真现量”而已。这种“真现量”，据王先生的解释（如眼见青山只有青之感觉，尚无青之概念）只不过是下等动物的知觉状态，即使有了这种“真现量”，难道就可以证知轮回及六神通了吗？

王季同的《唯识研究序》发表后，也有黄宾撰《佛教与科学》一文批评。黄文主要批驳王季同“佛教是彻底的辩证法”之说，认为佛教只是在承认宇宙万有是生灭、变动、矛盾的几点上与辩证法相符合，而并没有黑格尔、马克思那样的辩证法体系。王季同所说佛教辩证法的彻底性––真理终不可言说，并未超越康德不可知论的范围，尽管佛教中有一些与科学“不谋而合”的说法，但佛教否认物质世界的客观实在性，这是佛教和科学根本矛盾之处。佛教这种反科学的性质“不但不能利用科学使它变成合理，反而是要在科学的照明之下露出破绽来”。