《大正藏》编纂者在大藏经的编纂中引进了西方的学术规范。举其大者，有如下几端：

1、在分类结构方面，他们彻底摒弃汉文大藏经沿袭一千多年的“重大轻小”的传统，以“阿含部”居首；并将密教单列为一部，作为诸经的殿尾；以此体现佛教历史发展的进程。

2、他们主要利用增上寺的宋藏（《思溪藏》）、元藏（《普宁藏》）与作为底本的《高丽藏》对校，又加校明藏（《嘉兴藏》）。此后，又加校原藏于上野帝室博物馆的正仓院古写经与藏于宫内省图书寮的北宋本一切经（《崇宁藏》、《毗卢藏》混合本）。我国的藏经可以分为以《开宝藏》为代表的中原系、以《契丹藏》为代表的北方系以及以《崇宁藏》等为代表的南方系。《再刻高丽藏》实际集中了中原系、北方系的优点，而《大正藏》又参校了南方系《崇宁藏》、《毗卢藏》、《思溪藏》的经本。因此，《大正藏》可以说集诸家之精华于一身。此外《大正藏》还从日本各寺院收入不少古写经或刊本，或作校本，或作底本。并在《昭和法宝总目录》的《大正新修大藏经勘同目录》中对每一部典籍的底校本都作了交代。尤其值得称道的是，不少经典还与梵文本或巴利语本作了对勘，并在校记中注出梵文或巴利语原词。

3、编撰了实用的版本目录与索引、编撰了配套的词语索引

作为一个佛教文献学工作者，《昭和法宝总目录》是我案头必备的参考书。其中最为常用的是《大正藏》的版本目录－－《大正新修大藏经勘同目录》与两个实用索引－－《大正新修大藏经着译目录》、《大正新修大藏经索引目录》。

上述目录与索引对读者按图索骥查阅佛典，尤其对检索佛典的梵文名、巴利语名、藏文名、汉文异名、异本、注疏、品名、年代、着译者、诸藏函号，检索历代佛教学者的入藏着译，均有极大的功用。以往所有的大藏经均没有类似的目录与索引，这当然是时代的局限。而《大正藏》能够自觉地站在现代学术背景上，发扬现代学术的严谨学风，按照现代学术的要求来要求自己，从而编纂出具有如此高度学术水准的基本工具书。可以说，《大正藏》的这些目录与索引不仅给读者以极大的便利，而且奠定了《大正藏》的科学基础。这是《大正藏》编纂者对大藏经编辑理论与实践的一大贡献，对佛教文献学的一大发展。高楠顺次郎把编纂上述版本目录与索引作为《大正藏》的十大特点之一，的确当之无愧。《大正藏》出版之后，编纂配套的词语索引的计画便逐步提上议事日程。1943年，由小野玄妙负责开始着手。1956年，这一计画再次启动，并于1958年由大谷大学、高野山大学、驹泽大学、大正大学、立正大学、龙谷大学等日本著名的六所佛教大学组织成立了“大藏经学术用语研究会”，负责规划、统筹此事，各大学分头承担任务。全部索引共出版为48册，这是继《大正藏》之后的又一宏大工程。