五代十国时，战乱迭起，昭觉寺仅存“房舍五间，田土三百廛”。后殿堂衰颓，寺庙荒芜。北宋真宗大中祥符元年(1008年)，休梦法师五世法嗣延美禅师住持昭觉，用了30多年的时间进行全面修复，殿堂房舍增至300余间，建有大雄宝殿、唱梵堂、罗汉堂、六祖堂、翊善堂、列宿堂、大悲堂、轮藏阁等主体建筑，塑像、画像、碑记、寺额等恢复旧貌。寺内经济实力雄厚。李畋《重修昭觉寺记》中载道：“供食之丰洁，法席之华焕，时一大会，朝饭千众，累茵敷座，未有一物，爱假外求”。神宗元丰末年(1085年)，禅宗临宗禅师纯白任昭觉寺住持，开堂说法，从者甚多，被称为“西川第一丛林”。宋徽宗崇宁年间(1102-1106年)及南宋产高宗绍兴初年(1131年)，圆悟克勤(原号佛果克勤)两度住持昭觉寺，绍兴五年(1135年)在昭觉寺圆寂。至今寺内尚存圆悟禅师墓。圆悟克勤所著《圆悟心要》、《茶禅一味》传入日本和东南亚各国，日本人至今把《茶禅一味》尊为茶道至宝。