舍利是如何形成的？这一问题对于寻常百姓无疑是个不解之谜。也许出于世俗的好奇，近代以来不断有人提出各种质疑和猜测，试图通过现代科学手段，从“唯物论”和“实验科学”的角度分析解读舍利成因。目前有三种比较流行的说法：
（一）结石说。这种说法认为，僧人常吃素食，植物纤维多，钙质物沉淀为核，又长期修行，体内发生了一些化学变化，所以火化以后，留下一些钙化物，容易形成人体内 “结石体”，如胆结石、肾结石和膀胱结石等。这些物质见火不化，且多呈颗粒状——这种认识的依据是现代病理学和解剖学，结石成份有石灰石、碳酸石、碳、铁、铜及少量的蛋白质，还有人体自然分泌的粘液、胶状物；形状则有蛋圆形、球形、多角形、桑椹形、洋梨形等；形体小者如细砂，大者同鸡卵；色泽有白、黄、褐、绿、黑等；质地或外硬内软、或硬如石子，有不透明的、也有半透明的；其成因有属于体质、有属于遗传的，但大多数是缺少运动的、胆汁郁积或食无定时，酿成结石。数量从几个、几十个、几百个到上千个不等。根据结石的解剖记录，十个人就有一个人体内有结石。此说有一定代表性，但佛教不是科学实验的结果，是信仰的哲学，则此说不为佛教所接受。
（二）玉箸说。持此说者认为：“舍利”系精液之凝固，修炼佛法的人通过修行“玉箸”停留在脑间。按精液在体内，初以脑为发源地，由脑通过背脊而至肾囊。如果始终没有排泻则最后仍归纳至脑海，如此周而复始，循环不息。凡讲究修练的僧道，他们主要目标就是防止精液外泻以集结“舍利”，故舍利未结成前仍是一种液体。此说类道之养生气功说，然佛道本非一家，况释迦也曾婚姻。此说无法得到证明，也不被佛家认可。
（三）外物说。舍利形成有外在来源：一是源于燃烧材料中，在火化过程中所用燃料夹杂的砂石、玛瑙、玉石一类的东西和松脂与香灰的混合物；二是佛珠等随身物品中夹带的七宝；三是人为因素导致的，如僧人去世后，其他僧人塞到其口中或者手里的一些东西。甚至有些是专门为了取得“舍利”而特意加入的外物。此说只是世俗妄自猜度，最为佛家所忌。
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