史料中记载的大报恩寺琉璃塔
大报恩寺，位于南京城南古长干里，即今中华门外的雨花路东侧。明清鼎盛时期，其范围达“九里十三步”，曾与灵谷寺、天界寺并称为金陵三大寺，辖领城南一带次大刹二座，中刹十四座。该寺原址有建于吴赤乌三年（公元240年）的长干寺及阿育王塔，史称长干寺为“江南佛寺之始”。后代多有兴废，宋天禧元年（公元1017午）“诏改长干寺曰天禧寺” ，元至元二十五年（公元1288年） 春正月“诏改天禧寺为元兴慈恩旌忠教寺”，后毁于兵燹。明洪武末年，工部侍郎黄立恭奏请重建，费金二万五千两。
现在的大报恩寺已成废墟一片
朱棣当年耗巨资建大报恩寺和琉璃塔，敕名“报恩”，但是关于朱棣究竟是报谁的恩，在学术界一直有争议。朱棣的生母史学界主要有四种说法：第一种是马皇后，第二种是达妃说；第三种是元朝末代皇帝元顺帝的第三福晋，朱棣则是元顺帝的遗腹子；第四种是碽妃说，这个普通妃嫔因触怒朱元璋，被以残酷的“铁裙”刑折磨而死。
有人认为是，根据《重修报恩寺敕》中“朕念皇考、皇妣罔极之恩无以报称，况此灵迹岂可终废”的表态，加上《御制大报恩寺左碑》“皇妣孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”的字样，可以充分肯定朱棣修建寺塔是为了报高皇后马氏之恩。
但是在后来，也有不少历史学家表示：朱棣生母是碽妃。朱棣之所以隐瞒此事，是因为作为庶出的儿子，他根本没有资格继承朱元璋的皇位，但他却通过“靖难之役”夺取了最高权力，因此他才要伪造身世，标榜“嫡出”身份。不过，为了攫取权力而不认生母的朱棣，内心难免愧疚，大报恩寺塔很可能报的是生母之恩。甚至还有相关的记载中，还有人表示曾看到有专门的碽妃殿。
计划重建后的大报恩寺效果图
但是在对悟明《折疑梵刹志》的研读中，陈平平老师表示，碽妃说的可能性微乎其微。“悟明在书中写到，‘成祖之报恩也，以太祖马后陵寝在金陵，文皇徙都北平，故建寺于南以报皇考妣之深恩。”陈平平老师表示，悟明根据众多的史料进行了分析，从时间上就否定了朱棣生母是碽妃的说法，认为这个时间是不相符合。“朱元璋称帝时，朱棣已经八岁了，岂能是元顺帝宫人或者妃子入宫后所生呢。”
“而且悟明为大报恩寺僧长期生活在寺内，对寺内各殿堂梵宇都很熟悉，记录了各殿堂的尺寸，但是其中并没有任何关于碽妃殿的记载。嘉庆年间悟明的亲眼所见，自然比清末民初陈作霖所言的父老传闻更为可信把。”陈平平老师表示，文中的相关记载，可以说是“朱棣报恩对象为马皇后”的另一新证。
供奉佛像的布局与其他寺庙不同
报恩寺塔每一层供奉的佛像，分别是第一层供释迦佛一座；第二层供大阿弥陀佛像一尊；第三层供大释迦牟尼佛像一尊；第四层供大悲佛像一尊；第五层供大牟尼佛像一尊；第六层供观音大士像一尊；第七层供缨络大士像一尊……九华山玄奘寺的高僧传真法师，传真法师表示，在佛教的宝塔布局中，是有所不同的，但是一般来说，从低到高，一般是按照罗汉、菩萨大士、佛的形式，级别是逐层提升的。而在具体的佛像选择上会根据佛寺的不同，有不同的选择。“但是《折疑梵刹志》中记载的这个形式，确实有些不同。”不过传真法师表示，因为大报恩寺塔供奉着佛顶骨舍利的缘故，因此大报恩寺与琉璃塔所供主佛是佛祖释迦牟尼，这样的布局可能与佛顶骨舍利有关。
楼梯是188层而不是108层
整个报恩寺塔，除第一层因较高，楼梯曲折为三架外，二至八层均为二架。各层的楼梯阶级层数亦不尽相同，总数共188层阶级，曲折螺旋形上升。那么这个188层阶级是否也有什么说法呢？传真法师表示，宝塔的阶级说，目前来说没有什么太多的规矩，但是108是佛教比较尊崇的数字，至于188是否有深意，还要进一步研究。
不过也有相关专家表示，大报恩寺与藏传佛教应该有着密切的联系。郑和研究会副秘书长郑自海表示，当年郑和就曾到过西藏，藏传佛教的高僧也曾到南京，可能大报恩寺的一些内容与藏传佛教有关系。
康熙、乾隆到底写了啥？《折疑》与其他史料有不同
大报恩寺在清代的时候，康熙和乾隆分别给宝塔每一层题写了塔额，但是在之前的一些文献中，关于这些记载也一直有争议和不详实的地方。
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