在印公的著述里，如来藏系思想被命名为‘真常唯心系’。真常唯心系的经论主张众生的生命中有‘真我’；主张一切众生本来就具足如来藏、我、佛性，与自性清净心。印公以为这是‘佛德本有（本来是佛）论’，是佛法为适应印度教神学所引起的误解。这种误解，终于在印度大乘佛教后期成为一股思想界的逆流，而掩没了佛法的真实面貌。

基于这种认识，印公对中国佛学也有与传统佛学界不同的看法。他以为：

（1）印度后期大乘佛教的真常唯心系思想，是一种偏离佛法本义的思想逆流，而中国天台、华严、禅等宗的思想则皆承继此系思想而来。因此，中国佛学的信仰价值自不如原始佛法与初期大乘佛法。

（2）中国佛学的特色是：理论至圆、方法至简、修证至顿。具有这种特质的佛法，信徒往往急求修行成就，推崇隐逸自修。至于对大乘菩萨道之重视布施利他的大悲行持，以及集体修行的团队精神，往往付诸阙如。

印公以为要对治中国佛教之积弊，必须‘立本于根本（即初期）佛教之淳朴，宏阐中期佛教之行解（梵化之机应慎），摄取后期佛教之确当者，庶足以复兴佛教而畅佛之本怀也欤！’而在根本立场上，他是‘坚持大乘的’。对大乘佛法的看法，他‘以性空为主，兼摄唯识与真常。在精神上、行为上，倡导青年佛教与人间佛教。’这里所谓的‘青年佛教’，是指‘在真诚、柔和、生命力充溢的情意中，融合了老年的人生的宝贵经验’的佛教。所谓‘人间佛教’，则是指‘脱落神化，回到现实人间’的佛教。

像他这样的思想倾向，在中国佛教史上并不多见。其所显现的特质及历史意义，至少有下列几点：

（1）求真与批判的风格：印公大部份著述的核心目标，是在厘清二千多年来中印佛教发展过程中的若干质变现象，并指出佛法的核心义趣所在。其对传统中国佛学的全面批判，并不是宗派之间不同立场的义理争辩，而是对佛法在中国传播中所造成的失真现象所作的全面反省。就表面看，印公有贬抑中国佛学，而重视印度佛学（阿含及初期大乘）的倾向，但是就实际内涵而言，他所从事的思想工作，是在指出何者是佛法的纯正本义，何者是历史流变后的偏颇看法。这种思想上的反省，彰显的不只是求真求实的学术精神，而且也凸显了不受传统所拘宥的批判精神。这种风格，与讲究圆融、不敢批判的传统佛教界是相当不同的。

（2）主智论倾向：如前所述，佛法的真是真非，是印公一生所致力厘清、凸显的目标，对于传统佛教信仰界的含糊儱侗，他是不以为然的。追求清晰、合理而不含混的佛教信仰，讲求依法不依人的主智论（intellectualism）态度，反对不求甚解、依人不依法的反智论（anti－intellectualism）信仰风气，是印公著述所焕发出来的风格。这样的风格，也是中国佛教史上所罕见的。早期佛法的‘如实观’、‘般若智’等观念，都在启示后人‘求真精神’的可贵。印公的主智论风格，正是求真精神的一种象征。

（3）中国佛教发展方向的指引者：印公在上述求真、批判、主智论风格下，所展现的思想成就，就是为中国佛教的发展，指出一条可资遵循的大方向。就我国传统佛教的偏颇发展而言，他所指出的大方向与前此传统佛教所依循的显然不同。因此，要走上这一新方向，可能是佛教发展趋势的一种根本扭转。印公的思想，就像佛教历史发展路线上的路标。透过这一路标的指引，后人如果继承得宜，那么佛教史的发展，是很可能转向的；中国佛教史，是很可能有崭新的一章的。