双桂堂初创之时，正是反清复明高潮之际，盘踞在川东、陕南和鄂西的“夔东十三家”利用易守难攻的有利地形，采取松散型联合，流动作战的战术，打着明朝的旗号，共同抗击清兵，镇守着大西南的门户。“夔东十三家”据险自守，长期与清廷对峙，成为清朝扫平西南诸省和一统天下的障碍。

破山奔走于反清复明阵营之间，以一个佛门中有地位、社会上有影响的高僧的身份，鼓励抗清将领们坚持斗争，复兴明朝。抗清将领们也成为破山创建双桂堂的资助者和保护伞，使双桂堂得以迅速竣工，佛事活动得以正常开展。

最终打破这一僵持局面，消灭反清武装势力，为清朝完成统一大业的是顺治十四年（1657）出任川陕三边总督的清朝重臣李国英。而李国英在完成这项重大任务的前前后后，均注重建立和发展与双桂堂破山的关系。

李国英通过书信或委派专人到双桂堂，对破山表示崇敬和景仰，并说自己对佛教如何信仰，对佛门如何的亲近，希望有朝一日大师能发慈悲，来教育自己。李国英不愧为清朝政府一位有胆识有谋略有德行的封疆大吏，他很快得到了破山的好感，使之成为盟友。但是，破山的这种变化，其深层次的原因就是现实的需要。

反清复明运动已持续二十年，战火的侵扰使巴山蜀水成为“白骨露千野，千里无鸡鸣”的悲惨世界。出没于川东地区的“夔东十三家”和出没于滇黔地区的永历政权的其他武装势力，虽然均以反清复明为旗号，但实际上不过是占山为王，纪律松散，各自为阵，胸无大志的散兵游勇，在清朝大兵压境之际扼险自保，也只是作垂死的挣扎罢了，况且他们中间，烧杀成性的有之，为利忘义的有之，腐化堕落的有之，投降变节的也有之！他们自身的腐败和内部的倾轧足以使其人心和斗志丧失殆尽，由这些人来担当反清复明的民族大任其成功的把握是可想而知的。即使侥幸获得了成功，除了祸国殃民，他们还会有什么能耐？从弘光政权、隆武政权到鲁王政权，一个个短命的南明王朝其腐朽早已大白于天下，路人皆知。而永历政权虽以广阔的西南为根据地，坚持时间最久，生命力最强，但其中激烈的斗争，不断地内讧亦昭然若揭。日落西山，气息奄奄的气象预示着它的寿终正寝之日也行将不远了。进出双桂堂的游僧信徒们频繁来往于西南各地，种种信息的综合，使破山禅师感到反清复明不过是一个无法实现的执着，相反，持续的战乱则只能增加人民的痛苦和社会的灾难。

久乱思治，为众生祈求和平成为破山晚年的强烈愿望。由此，他身上的民族主义色彩也逐步被积极的民生主义所替代，他以关怀、慈爱、保护人民为己任，在给李国英的诗中有“重开巴国苏民困，再造夔门启世贤”、“人寿同天寿，民安即国安”的诗句，就是表明态度，希望他治理好这片土地，安民苏困，不要再当杀手。清朝多年未能解决的西南归属问题在李国英手里终于划上了句号，而李国英所施行的也正是他所谓的“仁政”。

双桂堂虽是僻远之地的一座禅院，但在明清之际却有其不容忽视的历史作用。特别是当重庆已变为清朝李国英的总督府后，长寿、垫江等县也尽入清朝的版图，而以梁平为界，川东三峡地区则是抗清武装的势力范围。双桂堂成了双边频繁往来的据点，破山禅师成了联系双边关系的纽带，对尽快结束战乱，推动历史发展的进程产生了积极的作用。