《慈悲三昧水忏》共上中下三卷，今收于《大正新修大藏经》第四十五册，卷前有《御制水忏序》（末署成于永乐十四年七月初一日）和《慈悲道场水忏序》。其名称中的“慈”意为予乐，“悲”意为拔苦；“三昧”本是定的意思，“三昧水”则是由迦诺迦尊者的三昧力加持而成的三昧法水，系指佛法的般若智慧甘露水，可以涤清众生的业障；“忏”代表忏悔，指忏悔过去的业。“慈悲三昧水忏”即指在慈悲清净的定境中，以佛法的甘露水洗涤业障和内心的烦恼，以现出拜忏者本来人性的智慧和福德。其正文的形式亦如其他忏法书，首先说明了建立水忏道场的意义及其功用，令修忏者发心皈依诸佛菩萨。其次举忏悔文，令修忏者兴起惭愧心、恐怖心、厌离心、菩提心、怨亲平等心、念报佛恩心、观罪性空心等七种心以忏悔烦恼障、业障、果报障等三障。忏悔终了，最后需以忏悔三障所生的功德回向施主与一切众生。 

历史上曾经出现过的与水忏有关的佛教著作很多，较著名的有清代智证录《慈悲道场水忏法随闻录》三卷、西宗集注《慈悲道场水忏法科注》三卷等，都收在《续藏经》中。佛教中更存有《慈悲三昧水忏祈愿文》、《慈悲三昧水忏科仪》等。近年新出版的著述也不在少数，如新文丰出版公司出版的《水忏申义疏》、《慈悲三昧水忏讲记》及《慈悲三昧水忏讲话》、《慈悲水忏法译注》、《慈悲水忏法研究》等既是。 

在实际薰修方面，水忏的实用性更强，自唐末以后的一千多年来，水忏法会风行各地，僧俗佛子都爱修此忏法，或自修，或请人代修，用来消灾祈福、超荐亡故亲友或冤亲债主，回向六道众生。许多寺庙特别规定每月举办一次，以致现代只要提到佛教的忏悔法门，人们一般都会想到粱皇宝忏和水忏。 

可是关于本忏文的真正作者，却存有争议。以往学界，特别是佛教界，多据《慈悲道场水忏序》所云，认为是知玄法师依宗密禅师所著《圆觉经修证仪》录成的。但早在北宋，《宋高僧传》的作者赞宁就表示过怀疑。近年潜心研究忏法的圣凯法师更明确提出了唐末五代时期僧人托名知玄据《佛名经》改编而成的看法，“通过对《水忏》与三十卷《佛名经》的忏悔文进行比较对照，可以看出除了首尾部分在《佛名经》中找不到对应的内容，其余部分都可以找到，而且二者结构和顺序完全一样，证明《三昧水忏》系抄袭《佛名经》的忏悔文而成，并非原创撰著而成”。“《水忏》是在唐末五代时期制作的。《水忏》之所以假托为知玄的著作，这与知玄在唐末佛教界的地位及其自身多灵异感应的特点有关”（圣凯《知玄与三昧水忏》，《法音》2001年第11期）。至于讲述水忏缘起的《水忏序》，圣凯法师认为：“这段序文是在宋代写成的，且作者的名字不详，只说到‘迨我宋朝至道（995―997）年中，赐名至德禅寺，有高僧信师古作记，纪其事甚详’。所以，序文的作者只是看到高僧信师古的记载而写成。”此说很有见地。

纵观知玄和尚的一生，称得上是撰述丰富、修行精进、持戒谨严，故能受到文宗、武宗、宣宗、懿宗、僖宗五位皇帝的钦重，以及裴休、李商隐等士大夫的仰慕，这在中晚唐僧侣中的确是不多见的胜事。此外，有关他的众多流传广泛的灵异故事也为他蒙上了一圈神秘的光环，除前面讲的人面疮外，仅《宋高僧传》中记述的就还有为大鱼和龙门神授戒，为李商隐疗治眼疾等。最奇诡的是他换口音的故事：由于知玄的乡音很重，听法的人不能完全领会佛教的意义，因而他就发大愿到象耳山虔诚修法，至心诵持《大悲观世音菩萨千手千眼陀罗尼咒》后，终于获得不可思议的感应，在灵光恍现中见一神僧为他截舌易新，清醒后土音没有了，居然能操纯熟的秦语——当时西北一带流行的语言。 

知玄对佛教的复兴发展贡献大，在当时社会上地位很高，又有诸多的灵验感通事迹，后代好事者将僧传中所记知玄受赐宝座和于临终时生珠状人面疮得几句话变换时空，加以改造演绎，以增加其所编忏法的可信度是可以理解的。耐人寻味的是其牵扯上晁错、袁盎的做法，可谓奇想叠出，妙不可言，者远比梁皇忏制作者的手法更加大胆。因为梁皇忏虽也借用了梁武帝的皇后郗氏因生前冷酷嫉妒、死后化巨蟒的传说故事，但她只是在历史上并无实际影响的后妃，梁武帝更是崇佛近乎痴迷，关于他的故事多不胜数，早已不足为奇。而袁盎和晁错却是在西汉政坛上权倾一时的名臣，此二人，尤其是晁错在中国历史上影响巨大，而在他们所处的时代，佛教还没有传入中国内地。