慈云寺从扩建以来，先后经历了六代住持。首任为云岩法师，历时近二十年。继任为澄一法师，几年后圆寂于此，曾为其修建骨灰塔在现在的西方三圣殿前。当澄一法师骨灰塔建成之时，刻有长沙沈德建撰，临海屈映光书《澄一法师塔铭》一文，此塔惜于十年动乱中夷为平地，现将抄存的塔铭原文录下，用识旧貌。

《澄一法师塔铭》

澄一法师，佛而儒者也。少契三空，长修四忍，参念佛是谁之案，悟无学一乘之玄。开圆形以示真修，谈圆理以明真性。凝心寂照，显像勤劳。悲群生之阱溺，接引随机；阐正法之精微，析理无碍。住世六十一年，弘法一十七载。早知灭度有期，难忍传灯莫续。躬建安心之室，室内常宣无念之机；编就微笑之枝，枝头屡示不言之妙。综括宏远，旨义幽深。事既竟而遗形，言虽绝而成化。加被后学，永注慈怀，但企因缘，同离生灭。然阳光普照，合目终是迷途；圣域非遥，明心即为觉路。故迷悟之际，端在因缘；而生灭之机，厥为心肇。忘中止之往相，息连续之攀缘。情识犹存，体用毕露。凡办肯心，皆承法趣。同尽行因，同证真实。塔成有日，简识为铭。

佛历二九七○年即公元一九四三年七月

长沙沈德建撰，临海屈映光书

继澄一法师后，为觉通法师，又十余年至解放时止。嗣由海定法师任方丈，为时较短仅一年余。后由定九法师继承衣钵，又约十余年。至今为释惟贤担任。

抗日战争初期，禅宗高僧虚云法师（慈云寺的开示）曾在慈云寺主持护国息灾法会七天，祈祷抗战胜利，世界和平，并追悼阵亡将士和死难同胞，广设七个坛场。当时国民政府主席林森曾亲到寺里拈香，国民党元老戴传贤居士等均来此拜佛，参加朝拜者先后二、三百人。

抗战时期，北碚汉藏教理院附设的大雄中学迁来此寺开办，海定担任校长，董事长为住持觉通法师，当时学生约两百人左右。

抗战中期，乐观法师领导的国际佛教步行宣传队也是在这里组织出发的。

此外，还成立了重庆市僧侣救护队，由觉通和尚担任队长，每遇空袭，该队即出发进行救护工作，青壮僧伽们穿着圆领短装，偑戴红色的佛字袖章，抬着担架，参与救死扶伤，颇引人注目，备受好评。