慈云寺位于重庆两江（长江、嘉陵江）汇合处的对岸，南岸玄坛庙狮子山。始建于唐代，重建于清乾隆二十二年（公元一七五一年），原名观音庙。当时重庆八省会馆（云、贵、湘、鄂等省）设有一善堂于内，举办施钱、施粥、义学等救济事宜。一九二七年，云岩法师（慈云和尚，人称八指头陀）托钵来此，募资重修扩建，成为佛教的十方丛林，更名为慈云寺。嗣云岩法师立下宏愿，为了广纳四众弟子。于寺内设有爱道堂，安置尼众，打破历来僧尼不同院的习惯，把慈云寺改变为海单寺院。海单寺院即僧尼都可挂单的庙子。凡四众弟子只要持有戒牒衣袍钵等到此，通过知客师同意，就可挂单食住。

慈云寺之所以僧尼合庙，说来确有一段因缘。重庆由于是长江上游的交通枢纽，早年轮船停泊的码头不在朝天门而在南岸玄坛庙。各地僧尼和男女居士上朝峨嵋山，下朝普陀山等地，经过重庆都要到南岸玄坛庙搭乘轮船。有位叫向兴发的领江笃信佛教，皈依云岩法师时立下宏愿：凡是朝山拜佛的人，在玄坛庙搭乘他领航的福元、福通两轮，一律免费，并供给斋饭。云岩法师因而广结善缘；打破旧例，建此海单寺院，便于接纳五湖四海朝山拜佛的僧尼和男女居士。当时南来北往朝拜九华、五台、峨嵋、普陀等山圣地的僧尼，多在此寺驻脚。

扩建这座寺庙，历时数载，云岩法师均亲率僧众，挑石运土，备极艰辛。当时军、政、金融各界要人如刘湘、潘文华、潘昌猷、陈丽生等均出力资助，成为慈云寺的外护。