慈云寺扩建以来，经历近六十年沧桑，特别是十年动乱中，遭受许多人为破坏。拨乱反正以后，连年不断培修，而今宝殿重光，面貌一新，现已成为重庆市佛教活动中心之一。一九八三年经国务院公布为全国一百四十二座重点寺庙之一。

一九八三年十二月一日，中国佛教协会决议，僧尼剃度时不烧戒疤的规定后，此庙在当年佛成道日（农历腊月初八时）就在全国内首次执行了这一规定，使唐代以来汉族僧尼剃度受戒要烧戒疤的习俗，得到破除。

现今，这个庙里僧尼的情况是：比丘占百分之二十七，比丘尼占百分之三十二，沙弥占百分之二十三，沙弥尼占百分之一十八。老僧尼有的鬓发斑白，年近古稀，虽曾为传灯问题，有些顾虑，而宗教政策落实后，一批年轻出家的僧尼，不断健康成长，值得庆幸的是寺庙后继有人。我们看到慈云寺佛光朗耀，法轮常转，为此感到由衷欣慰。

近年来由于培修庙宇，山门两旁增刻了对联两副，附录如下：

联一：

净土长宁，生灵有幸；

慈云广庇，佛法无边。

联二：

灵鹫妙音，清宣法界；

雄狮俯踞，威镇山川。