水岩寺在历史上经过多次重修，才保留至今。在明朝时，最大的一次重修工程，始于万历初年。

隆庆元年（1567年）九月，从塞外犯境的十万蒙古骑兵攻入界岭口，到处烧杀抢掠，围攻昌黎县城三天不克，遂放火把昌黎城北的水岩寺烧毁一空。过了六七年，到万历二年（1574年），一个名叫“真山”的“大比丘”决心修复水岩寺；他到处募化，历经多年，方将水岩寺又在宝峰台复建一新。

对此，清朝光绪年版的《永平府志》所载的明朝万历四十六年（1618年）昌黎学者邸存性所撰写的《重修水岩寺记》，有详细记述，其全文为：“太行恒山，西来婉蜒数千里，抵碣石而东濒海，驻足突兀，杰峙最巨。丽者为仙台山，山之麓有刹曰‘水岩’，岩处众山间而据其腹心，郁然深秀。山之列其旁者，左五老峰，右锯齿崖，参错连亘，狻貌踞而龙蛇走，若三角，若药局，若笔峰，若馒头，若东、西两山，又如人之双臂合抱，而拱中辟一阙。邑治正当其冲，似衔珠然。登城远眺，则山如翠屏，而寺其烟郭也。登山南望，则邑如列眉，而海其襟带也。是诚一邑之奇观。而龙脉，实本于是。昔洛阳多名园，识者以花木瞻盛衰。余亦曰：刹之废兴，邑之盛衰之候也。刹不知创自何时。五代时地没入夷，邈无所纪，断碑残石多胡元番篆。嗟夫！此一时也，山川膻毡，流浪苦海，刹且不知作何状，安问邑矣？幸版图归我大明，隆庆丁卯，狄人关弓南寇，虏火燎原化为灰烬。今上之二年有大比丘真山者，修行如幻三摩钵提，乃募大因缘，甃石庀材，建梵宇三楹，以无量宝黄金丹砂，涂堊榱题，以大旃檀作菩萨像，庄严妙丽。砌其缭垣，敞其门户，阶以层级，回廊僧舍，各量址环竖于别院。复购求水陆诸菩萨变化图及诸经藏，作大会场，度无量众求脱一切恶浊烦恼。曳杖游南海、五台、普陀，落伽施茶于都门之西义井马肆。十年来，足迹殆遍天下胜概，既而复归老于斯。谒余求记，曰：‘衲子四大将尽，不朽盛事，祗藉贞珉。’余因忆少挟为山之术，亦尝登临憩息于斯，洞壑萧森，林木鲜少，想丁卯之劫未远也。今郁林珍果，深树文禽，佳花椒聊，列植成阴，非前日之苍烟白露而荆棘乎！高甍巨桷，宽间深靓，泠泠泉瑟，谡谡松风，非前日之颓垣断堑而荒墟乎！佳时令节，邑都人士，趁绿倚红，啸歌而管弦。非前之晦冥风雨鼪鼯鸟兽之嗥音乎！五代之初，胡元之季，毋论矣！丁卯之秋安睹此景物哉？由此观之，不独一邑之盛衰，以候天下之治乱可也。余世间法安能文出世法，姑纪其废兴之由，使后之君子摩石而读此文，尚思彻桑土而绸缎之，亦知真山公为护法天魔之后身也。是为记。万历四十六年。”

另外，明朝万历四十四年（1616年）出任昌黎知县的四川剑门举人杨于陛在同一年撰写的《宝峰寺纪游》，也有大体相同的记述。