碣石山风景区重新开发以后，昌黎县委、县政府决定尽快修复水岩寺。到上世纪90年代之初，水岩寺上移至千佛殿遗址一带重建。再度修筑的水岩寺占地更加宽广，主要建筑一改明、清建筑风格，充分体现的盛唐时代的建筑艺术，显得异常宏伟、壮观。其山门与天王殿合二为一，高矗于坝台之上，殿内祀有大肚弥勒佛像和四大金刚彩色泥像；居中的大雄宝殿，雕梁画柱，金碧辉煌，供奉着如来佛祖的金身塑像。

1994年，水岩寺复建工程竣工，中国佛教协会会长赵朴初先生应邀为新修的水岩寺题写了匾额。时隔8年，中国佛教协会副会长、河北省佛教协会会长净慧法师特来水岩寺察视，决定将水岩寺列为河北省佛教协会直接管理的寺院，使之重新成为佛门净地。

2002年6月28日，水岩寺交接仪式在宝峰台上隆重举行，净慧法师出席了仪式，并派其弟子存海出任水岩寺主持。现在，水岩寺的香火重新兴旺起来，正在成为京东地区重要的宗教活动场所。