从2007年初至今，南京市博物馆考古部对南京大报恩寺遗址进行了全面、系统的考古发掘，先后发现并清理了属于明代大报恩寺的香水河桥，中轴线主干道、天王殿、大殿、观音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年（1011年）的长干寺真身塔地宫和北侧的画廊基础等重要遗迹，出土了以七宝阿育王塔、金棺银椁为代表的一大批珍贵文物，获得了极为重要的考古收获。

下面对已发现的主要遗迹给予简单介绍：

1、香水河桥

香水河桥为石拱桥，桥面总宽745厘米，通厚65厘米，七层，砌筑于石板桥底上。

2、香水河河道

香水河桥之下即是香水河河道。河道横贯南北，河道的两岸与底部皆用长方形青条石铺砌。

3、中轴线主干道

在香水河桥和天王殿之间，沿着中轴线，发现了以长方形青石板铺砌的主干道。路面宽255厘米，残长23.75米，厚16－20厘米。

4、天王殿

天王殿为带有前廊与月台的五开间、三进深的大型建筑，整体呈“双凸字形”。它座落于夯土台基之上。

5、大殿

大殿位于北区正中心的位置。底部设置大型夯土台基，残存的高度约为5.2米。外围围绕一周宽度约为1.2米的基槽。殿内目前共发现两排6个大型石柱础。据文献记载，该殿“高七丈一尺五寸、深十一丈四尺三寸、长十六丈七尺五寸”，按照现代尺寸换算就是高22.67米、深36.23米、长53.1米。其长宽数据与我们此次发掘的实际状况基本吻合。

6、塔基

塔基位于大殿之后，与大殿皆位于大报恩寺遗址北区的中轴线上，距离大殿东侧基槽12米。平面呈正八边形，最大对径约为25米。从外至内分为五层结构，中心部为地宫，圆形地宫直径2.2米。地宫未遭盗掘，保存较好。

7、观音殿

观音殿位于塔基东侧，为夯土台基式建筑。为三开间三进深的高台式建筑。

8、法堂

法堂位于北区中轴线最东端，为夯土台基式建筑。为一三进深的建筑。

9、御碑亭基址

御碑亭基址共两座，分处中轴线南北两侧，南部为永乐所立御碑。北部为宣德年间所立御碑。
目前油库、画廊、伽蓝殿等建筑遗迹仍在清理发掘之中。

在发掘过程中，出土总数多达两万余件的各类珍贵文物。其中既包括在遗址中出土的明代建筑构件，尤其是大量精美的琉璃构件，以及各种质地的明清时期的佛教造像；更为重要的是，在地宫中出土了种类丰富的各类供养器物，包括金、银、铜、水晶、玻璃、玛瑙、丝绸等各种质地。

发现的七宝阿育王塔由相轮、山花蕉叶和须弥座三大部分组合而成。塔刹有5重相轮，顶部为球形宝珠。四只山花蕉叶分别位于须弥座顶部四角，其内侧分别浮雕了两座佛立像和两座佛坐像。外侧则浮雕了一组佛祖诞生、苦修、说法、涅槃，以及降魔显圣等佛传故事。塔刹与四座山花蕉叶之间皆以长链相连，链上悬铃。塔的主体是位于底部的须弥座。须弥座平面为方形。上、下两端的出涩部分皆浮雕一组佛像，姿势各异。塔身四面中心部分，分别浮雕了 “萨埵太子饲虎”、“大光明王施首”、“尸毗王救鸽命”和“须大拿王”四幅大型佛祖本生变相。塔座四面的顶部分别刻有“皇帝万岁”、“重臣千秋”、“天下民安”和“风调雨顺”四字吉语。塔座四隅站立大鹏金翅鸟（即天龙八部之中的迦楼罗）。每面的上部和下部分别錾刻铭文，主要记述捐赠施主的身份、姓名，捐赠的数量，以及变相的名称等。另外在塔刹根部，山花蕉叶内侧、以及塔座顶部平面之上皆有铭文，提供了十分丰富、重要的文字记载。从整体上看，该塔造型高大雄浑，装饰精美，寓意深刻，代表了宋代佛教器物制作的最高水平。

在弄清阿育王塔体结构的基础上，完成了塔内瘗藏文物的清理工作。在阿育王塔塔身内发现了大量的珍贵文物。主要有各类丝织品、水晶球、鎏金银薰、银钗、玉碗、玻璃杯、琉璃净瓶、金棺、银椁及各类香料等。

从清理的结果看，塔身内部的文物可以分成上下二层。上层部分主要为由丝绸包起来的多个包裹，塔身下层部分为一用丝绸包裹的方形漆函。漆函保存完好。函内安放着由多层丝绸包裹的方形银函，方形银函内为方形鎏金银函。

对上层部分发现的一个包裹进行清理时发现包裹内为体型较大的银椁，银椁底部有较高的须弥座。银椁内也安置有一长方形金棺。

目前塔内发现的丝织品及其他文物都已妥善保护，下一步考古队将根据文物保护的方案，对出土文物做进一步的清理和保护。

根据石碑《金陵长干寺真身塔藏舍利石函记》的记载，地宫中共瘗藏三种舍利：感应舍利、佛顶真骨和诸圣舍利。

感应舍利自东晋高僧刘萨诃发现以来，《高僧传》、《法苑珠琳》等文献代有记载，传承有序，被中国佛教界公认为中土19份真身舍利之一。

佛顶骨舍利从地宫出土的石函题记、丝绸发愿文等考古材料中有相关的证据。

第一、在石函北壁出土的题为“金陵长干寺真身塔藏舍利石函记”的长篇铭文中，明确指出：“进呈感应舍利十颗、并佛顶真骨、洎诸圣舍利，内用金棺，周以银槨，并七宝造成阿育王塔以铁囗囗函安置。即以大中祥符四年太岁辛亥六月癸卯朔十八日庚申，备礼式设阖郭大斋，閟于囗际名数，永镇坤维。”

第二、编号为23－2－3丝绸发愿文写道：“崇圣寺承天甘露戒坛院新戒僧思齐、今者遭逢演化大师囗藏如来顶骨真身舍利之资，追荐亡考葛七郎、亡弟葛三郎、亡婆杨氏十娘，同承胜利之因，当超升之果，当囗思齐夙缘不断，万劫千生长为如来弟子，绍隆三宝作大因缘。大中祥符四年岁次辛亥六月二十七日新戒僧思齐题记。”

第三、编号为23－2－2丝绸发愿文写道：“升州左厢武定坊住居弟子华文用、文雅并母呙氏五娘妻李氏一娘合家人口等，同舍手帕一条、土黄二十斤、细香三两囗囗长干寺葬佛顶骨舍利塔襯函永囗不朽。大中祥符四年七月二十七日记。”

以上直接提及长干寺地宫瘗藏佛顶骨舍利的材料。另外石函题记最后一行中还记载道：“舍舍利施护、守正、重航、绍赟、智梧、重霸、守愿尼妙善、宝性，砌塔都料应承裕并男德兴、王仁规，施石函陆仁贞、仁恭。根据《宋高僧传》、《续高僧传》等史料：施护是北印度来华的高僧，北宋初三大高僧之一。他位列众位“舍舍利”僧人之首，此次发现的佛顶真骨舍利是由北宋高僧施护等捐献。