妙湛法师一贯重视修持，严持毗尼。他出家前曾驻锡扬州高旻寺，跟随来果禅师参禅数年，领悟到心地法门的重要性。

当他于1957年来南普陀寺时，每天还坚持参禅打坐。当时南普陀寺没有禅堂，他发愿将来兴建一座禅堂供养大众师父用功。由于时节因缘的关系，没有如愿以偿。闽院复办后，他常对学僧说：“出家人光学教理是不够的，必须到禅堂用功，把所学的东西进行消化，才能受用，否则只是画饼充饥。”所以兴建禅堂又成了妙老的一大心愿。

时至1990年秋天，南怀瑾先生香港的学生李素美和其女儿郭姮妟来南普陀寺拜访妙老，在谈话中问及寺院目前需要做什么功德。妙老语重心长地回答：“还需要建一座禅堂！”当时，李素美母女俩就立即答应下来，并打电话报告南先生。南先生说：“好啊！法师要建禅堂，我们一定要发心。”因此，南普陀寺禅堂从1991年春天开始动工奠基，经过三年的建造，于1993年春落成，并聘请南先生举行为期7天的禅学讲座，参加禅修的有来自加拿大、美国、菲律宾、台湾、香港等海内外的佛教四众弟子共一千多人。同时，妙老规定闽院学僧要走学修一体化的道路，每天晚上最少要坐一支香。他在禅堂开示中强调：“禅堂是寺院里最重要的一个修行地方，佛学院的学僧应白天学教，晚上坐禅，如此才可以使戒定慧并进。单单学一点文字般若是不够的，一定要坐禅。要想成佛作祖，必须住禅堂！古人住禅堂以开悟为期，不悟不出禅堂。当打生死七时，宁死在禅堂，不愿死在外寮。禅宗一法是不立文字、教外别传、直指人心、见性成佛，所以禅堂又叫选佛场。”

妙老继承了高旻寺来果禅师的宗风，勉励后学多住禅堂，学修并进。他自己每天早晨三点钟就起来打坐或读诵《金刚经》、《普门品》、《普贤菩萨行愿品》等，然后等到一开静，就亲自喊学僧起来上早殿，经常拿着手杖察看学僧寮房。如有不听话，随时用“棒喝”来教育。法师的严格管教，令学僧肃然起敬。