为绍隆佛种、续佛慧命，妙湛法师一方面维修寺院，一方面努力培养佛教接班人。1981年春，复办了由弘一律师和瑞今法师创办的佛教养正院，聘请了四川、安徽、上海、浙江等地的法师和众多专家学者来任教。由于当时的办学条件有限，学僧分别在功德楼和法堂上课。刚开始时，学僧比较少，白天劳动，晚上上课。后来学僧多了，才改为半天劳动，半天学习。学僧经常为常住砍柴、运煤，帮助基建搬砖运瓦，拉渣土、挑砂子水泥等等。我们印象最深的是妙老每天亲自带头和学僧一起出坡劳动，无论是扫地或其他作务，都跟学僧在一起，每次干活都是汗流浃背，一天要换好几套衣服。有时学僧都回去了，他一个人还在干活。在“文革”期间，每天早晨他一个人扫地，从东山门一直扫到西山门，十年如一日，从未间断过，还被政府评为劳动模范。妙老的一言一行，使学僧养成了一种爱学习、爱劳动的好习惯。

1983年夏，妙老陪同新加坡佛教总会会长宏船法师率领的佛教代表团到北京，拜访了中国佛教协会会长赵朴初居士，当时这两位大德都动员妙老一定要把闽南佛学院复办起来。他回厦门后，非常高兴，信心百倍，发愿在有生之年一定要复办闽院。他经常告诉养正院的学僧：“闽院不复办，我死不瞑目。过去我在青岛湛山寺佛学院学习时，倓虚老法师交代我，将来有条件、有能力，一定要办佛学院，为佛教培养人才。”因此，到了1984年底，经福建省宗教事务局和厦门市政府、市宗教事务局的审批，同意复办闽南佛学院。通过正式考试招生，录取了预科男女众各40名，于1985年5月17日举行复办闽南佛学院开学典礼。男众部设在南普陀寺，女众部设在万石莲寺。闽院复办后，要求入学的学僧越来越多，几乎每天都有。为满足学僧的求学愿望，妙老发大慈悲心，尽量创造办学条件，从二个班增加到四个班、六个班，1992年发展到八个班(包括养正院)，另外还设研究班，男女学僧共20多人。当时养正院乙班只好借住在虎溪岩寺上课，女众预科乙班借住在南普陀寺禅堂地下室上课，学僧人数达350多人。这是闽院有史以来人数最多、规模最大的一个时期。

为了解决女众部学僧的校舍问题，妙老花了不少心血。为了此事，他经常吃不好饭、睡不好觉。经过多方面的努力，最后选定厦门金榜山董内岩紫竹林寺作为闽院女众部的修学道场。在妙老悲心宏愿的感召下，终于得到台湾香光尼众佛学院悟因法师和新加坡、香港钟氏家族的慷慨捐资。经过妙老三年的亲自监造，于1996年春季，闽院女众们终于有了一个安心学习的好道场。

妙湛法师对佛教事业极为重视，不仅为办好闽南佛学院，而且还为中国佛学院、福建佛学院、武昌佛学院、岭东佛学院、依兰尼众佛学院、泉州佛学苑等，在经济、师资以及学员等方面都给予了大力支持。1991年，他发表《全国佛教徒都来支持中国佛学院》一文，倡议全国各大寺院的诸山长老从经济上要给予大力支持。1993年，在“全国汉语系佛教教育工作座谈会”和1995年中韩日三国佛教友好交流会议上，妙老坚决支持中国佛协的办学方针，贯彻执行赵朴老提倡的“三培养”和“五建设”的精神，并且提出“佛教大国一定要有佛教大学”的口号。他说：“造就佛教僧才，是关系到我国佛教前途和命运的头等大事。佛教文化不仅是中国的文化瑰宝，也是世界的文化瑰宝……。不仅要在中国弘法，还要向世界弘法，为世界各国培养高级佛教人才，这是我们义不容辞的责任。”在纪念太虚大师诞辰百年时，他在《僧教育的新构思》中说：“佛学院必须由过去单一培养教理知识的僧才，转变为培养多层次多专业知识的僧才，才能适应当前我国佛教的实际需要。”