印顺法师在考察牛头宗的传承世系时，用冷静的历史眼光辨析了牛头宗六代相传世系（法融、智岩、惠方、法持、智威、慧忠）的真伪，认为以往禅史上牛头宗初祖法融从道信受法的记述是后人编造的，法融传智岩、智岩传惠方的传承关系也不能成立。他在对有关事实进行考辨之后提出，大约在法融去世五十多年以后，当北方弘忍门下东山法门以神秀、普寂为代表的北宗十分得势，在以两京为中心的北方十分兴盛之时，牛头宗出于对抗北宗的企图，模仿北宗的祖统说提出自己的六代传承世系，“于是推牛头山法融为初祖，网罗前辈的著名禅匠，成立牛头五祖说，约在智威晚年，慧忠已在山的时代（715顷）”，此后智威传慧忠，慧忠当然是牛头六祖。

印顺法师在介绍牛头宗禅法时吸收了日本近代以来研究敦煌禅籍的成果，特别是对传为法融著作的《绝观论》以及《无心论》的研究和整理。经他考证，认为传为僧璨着的《信心铭》与《心铭》一样也是法融所著，两者内容相同，只是篇幅不同而已。牛头宗的禅法与东山法门的“安心方便”明显对立，提出无须“安心”，并且继承南朝的“学统”，将老庄玄学的概念和般若“三论”的空义、不二思想吸收到自己的禅法之中，主张“虚空为道本”，在解脱论上提出“无心合道”、“丧我忘情”的主张，又认为“道无所不遍”、“道遍无情”等观点。在与北宗、南宗的交流会通中牛头宗禅法不断有所发展。慧忠的弟子佛窟遗则着《无生义》等。印顺法师认为，现存敦煌文献《无心论》也许就是他作的。遗则将牛头禅更加玄学化，称佛性为“妙神”，说“无心者即真心也，真心者即无心也”。

在唐朝后期，特别在武宗会昌毁佛之后，北宗早已泯灭，曹溪禅派在中原的荷泽宗也已衰落，在江南的洪州宗、石头宗相继迅速兴起。在这一过程中，剑南的净众、保唐二宗以及在江南的牛头宗愈益不振，最后皆“消失在曹溪的法系中”。于是，牛头宗的具有浓厚老庄玄学化的禅法也就被融入曹溪禅之中，标志着自达摩以来禅的中国化的完成。（以上据第三章、第九章诸节）印顺法师的结论是：

曹溪禅在江南（会昌以后，江南几乎全属石头法系）融摄了牛头，牛头禅不见了。曹溪禅融摄了牛头，也就融摄老庄而成为？？绝对诃毁（分别）知识，不用造作，也就是传重自利，轻视利他事行的中国禅宗。（序）

从此，如柳宗元《大鉴禅师碑》所说：“凡言禅皆本曹溪”。

四、慧能和《六祖坛经》

本世纪相继发现敦煌本和宋代惠昕本《六祖坛经》之后，国内外学术界对南宗创立人慧能以及《六祖坛经》的研究十分投入，并且取得丰富的成果。对于慧能是否历史上的真实人物虽然没有人表示怀疑，然而对于《六祖坛经》的真实性，对其中记载的慧能的传记和传禅语录的真实性却有人表示怀疑。1930年胡适出版的《神会和尚遗集》附有论文〈荷泽大师神会传〉，提出《坛经》是“成于神会或神会一派之手”的结论，得到国内外部份学者的认同，也受到越来越多学者的反对。六十年代在台湾学术界曾发生围绕《坛经》是神会所造还是真实记录慧能思想的辩论。因为当时两岸完全隔绝，大陆学者对此一无所知，在大陆实行改革开放之后通过翻阅张曼涛主编的《现代佛教学术丛刊1》之《六祖坛经研究论集》，对此表示极大兴趣。印顺法师就是目睹了这场大辩论之后开始投入禅宗史的研究的，1971年出版《中国禅宗史》，同年又发表《神会与〈坛经〉》的论文，皆论述了自己对慧能与《坛经》的见解，批评了胡适的一些观点。