南寺的拉康钦姆(大殿)高11米多，面积5500平方米，有40根大圆柱，宏伟壮观。殿内各尊馏金铜铸佛像和各种浮雕造型优美。殿中主要供奉3尊释迦牟尼佛像和1个白色法螺。大堂正中的“柞木林那夏”大佛，是为纪念萨迦班智达贡噶坚赞而铸造的，内藏有八思巴的舍利子。左面的一尊是为纪念八思巴法王而建造的。大堂南面的一尊为纪念本钦释迦桑布而铸造的。据《萨迦世系史》记载，萨迦寺最为珍贵的一件稀世珍宝是白色法螺。据传是世尊释迦牟尼曾用过的法器。原由印度国王将海螺赠送给中国汉代的皇帝，元世祖忽必烈时又将此海螺赠给八思巴。

大殿堂左侧是银塔殿，其中有供奉以俄强贡噶仁钦为首的十位法王的银制灵塔。大殿墙上绘有当年建寺经过的壁画。殿后是藏经库，内有万余部经典，系八思巴时期集中卫、藏、康等地区的书法家用金、银、朱砂和墨汁精工写成的珍品。还有一“方经”，又称“甲龙马”或称《布德迦龙》经书。书长1.34米，宽1.09米，厚67厘米，雕龙刻凤的木板封面原达41厘米，翻阅时要用4个喇嘛抬着。据传这本经书由八思巴主持完成，全书是用金粉汁写成的传世珍宝。

全寺藏佛经4万多卷，内有十分珍贵且保存完好的贝叶经20卷，书房中藏有天文、历算、文学、医学、历史、哲学等藏文典籍千余卷，《大元国师八思巴画传》25轴。因该寺珍藏大量经书和典籍，故有“第二敦煌”之称，是藏学研究的一个宝库。

大殿右侧，有一只高1.5尺的玉钟及一长方形玉板，被称为寺内两宝。玉钟用来罩佛前的长明灯，玉板刻有汉文诗，落款为“醒石”四周存有中国历代王朝赏赐的法器和元代皇帝赐给的法衣、盔甲、靴等文物。壁画则集中在主殿楼上，东墙画有萨迦派历代祖师和高僧图像及一些佛教典故，西墙有600多年前的坛城壁画和60多幅喜金刚(欢喜佛)画。正殿中还有数百轴画卷，为古代西藏的艺术珍品。从八十年代至今，国家共投资240多万元修复南寺，北寺正在重建中。目前，国内外香客和旅游者络绎不绝，前往进香和观光。

萨迦南寺的兴建对萨迦派的发展具有重大意义，在政治上也显示出这一派在元朝的支持下所取得的权威地位。从建筑形式看，该寺的建成，无疑得到了内地僧侣和工匠的支援，该寺的建成标志着西藏统一于祖国后，在经济、文化方面取得了长足的进步。