色拉寺法定僧人人数为5500名，均被编排在各个扎仓辖下的康村和米村中学习。色拉寺三大扎仓共有32个康村，其中吉扎仓所属康村和米村最多，共有17个。僧人学经内容和步骤同甘丹寺和哲蚌寺基本相同。入寺后先学显宗，然后学习密宗。显宗主要以格鲁派规定的五部大论为主，学完这些经典通常需要22至24年时间。通过拉萨一年一度的传大召辩经考试，获拉热巴格西最高学位者方可继续深造，进入上下密院进行密宗修习。

“喇吉”是色拉寺的最高管理机构，由堪布池巴（法台）、三大扎仓堪布（主持）、措钦大殿总管“协敖”、寺院庄园总管“吉索”、领经师、噶厦派驻官员和秘书等11人组成。由堪布池巴主持定期或不定期会议，讨论决断寺内一切事务。同时在各个扎仓中设有以堪布为首的扎仓级管理机构，负责处理扎仓中的日常事务。

 现在色拉寺的管理机构与其它寺院一样，由寺院民主管理委员会统一管理。其成员主要包括正副主任5人、委员7人、秘书1人。同时下辖有文化管理委员会、治安委员会和物资管理委员会等分支机构。寺院民主管理委员会的所有成员均由僧人们自己以民主选举的方式产生。 

每月初八、初十、十五、二十五和三十这五天为色拉寺正规的宗教活动日。早晨斋僧茶后，大多数沙弥看书；中午斋僧茶后，在法苑立宗辩经；下午通常是先作法事，进行短时间辩经，然后听老师讲课。每个星期日下午五点开始，为辩经的时间。在每月十五和三十日这两天还要进行长净，坐夏和解制三事实践。如有特殊情况，还需要举行临时性的法事活动。平时，僧人们除参加正常的宗教学习和宗教活动外，还要参加一定的生产劳动，近年来，僧人们在寺前的沙滩上种植了近2万株水蜜桃和苹果等经济林木，既增加了收入，改善了生活，同时又美化了寺院和自己的生活环境。劳动收入每六个月由寺院民主管理委员会分配一次。对年纪较大或身体不适的僧人，每月政府都给予一定的救济，同时还可以享受会供的酥油、茶和粥饭等。

色拉寺内藏有极为丰富珍贵的文物，其中有不少属于国家级重要文物，其中有不少属于国家级重要文物，主要包括各种胎质的佛像、唐卡、壁画、佛经、法器和供器。措钦大殿内观音殿中供奉的金汁书写的《甘珠尔》和《丹珠尔》大藏经、文殊殿中供奉的1413年北京版《甘珠尔》大藏经、罗汉殿中供奉的永乐皇帝赐予的十八罗汉檀香木像、吉扎仓内供奉的“大明宣德五年内加金银造”铜钹和现藏于西藏自治区文物管理委员会中的大慈法王释迦也失真容缂丝唐卡等都是寺藏文物中的精品。其中永乐皇帝赐予释迦也失、1410年用朱砂刊印的10８函北京版藏文《甘珠尔》（现有105函）最为珍贵，它不仅制作精美，而且是第一部用雕版印刷术印制的藏文大藏经，对研究我国版本学和印刷史都具有重要的价值。 

 由于自然灾害、战乱，色拉寺在历史上曾经遭到破坏。西藏和平解放后，国家和西藏自治区人民政府十分重视色拉寺的维修，曾多次拨款进行修缮。色拉寺现在已经得到全面修复，面貌焕然一新，成为广大僧侣研习佛学、从事宗教活动和人民群众朝佛参观的重要圣地。