石窟的壁画内容主要有佛像、菩萨像、诸天鬼神像和藏传佛教上师、高僧以及佛教本生、变相故事图、供养人图等。也有帝王、贵族、平民以及山川草原、飞禽走兽等内容。其中的《各族僧侣俗人等礼佛图》最早将蒙古、藏、党项、汉等各族人物同绘于一图，是中世纪草原地区各族人民友好相处的历史写照。在题材方面，有表现真善美、假恶丑的画面，如静穆慈祥的菩萨和为非作歹的异教徒、狞恶丑陋的妖魔鬼怪等；有表现五马分尸、乌鸦啄尸等宗教地狱图和一些神话故事，还有大量的装饰图案和背光景色，造型十分逼真、庄严而富丽，向人们昭示着阿尔寨遥远的辉煌。

阿尔寨石窟中的回鹘蒙古文、梵文、藏文榜题，与敦煌莫高窟和榆林窟保存的回鹘蒙古文榜题风格颇为相似，是研究中国蒙古文的珍贵资料。石窟内发现印有回鹘式蒙古文的土坯，从土坯凸出的文字来分析，原来是在土坯的模子底部刻写了凹型文字，内容为蒙文玛尼六字真言。

阿尔寨岩石西南侧有一大石窟。这个石窟原有的精美壁画被烟熏后早已模糊，破坏严重。窟内诸佛像位置：西南上方为红阿弥陀佛、东南上方为绿成就佛、西北上方为黄宝成佛、东北上方为白大日如来佛、中间为蓝不动佛，以上在佛教经典总称为“五部佛”。东西壁诸神像依次排列为：中间为本尊，下边横排着诸阿罗汉，两边为诸菩萨像。

第28号窟基本还保留着北魏石窟建筑风格。从位置上看，这座石窟占据了整个阿尔寨石窟岩石最合适的位置。这是阿尔寨最古老的一眼石窟。壁画颜料均属古代石墨颜料，至今还遗存的壁画中东西壁面上方诸神像大概为本尊、护法神像；西壁面上画有马首金刚、密集金刚等；东壁面上方画有黄胜乐金刚、蓝胜乐金刚、欢喜金刚等。与之相串连的31号窟西侧洞窟顶部凿有精美天井图案，内壁墙面壁画留存最为完整，壁画使用淡灰色的水彩颜料，这一点与其他壁画有明显的区别，而且还留有部分未画完或没有涂完颜料而短促停顿的痕迹。从内容上看，有佛本身故事图，诸菩萨从八难中救渡众生图等。无论是从石窟的开凿、壁画的设计艺术风格，还是从石窟内设布局看，这座内外连串的石窟属阿尔寨石窟群当中最晚期的遗存之一，并且壁画装饰工作进入结尾阶段，而于1632年的战乱中被半途而废。

纵观中国佛教文化史，大型佛教石窟建筑一般都出现于早期，并且都经过不同历史时期的修缮或扩建。在阿尔寨石窟群同样可以隐约看到不同时期的痕迹。比如：15号窟门上侧开凿窟檐时刻掉了原有塔雕的一半，这足以证明其绝非同一时期之作。

鄂尔多斯地区曾为西夏管辖地，且处于接近西夏政治文化中心的地带，因此风格上也受到西夏文化的影响。在莫高窟263号洞，西夏人把北魏时期的中心塔柱改为中心佛龛；在甘肃民乐县马蹄山石窟群中的西夏窟有正墙凿三龛，龛前设坛的情形。阿尔寨多数窟为正墙或三面墙开凿半椭圆形佛龛，墙低部设台阶为坛的布局，同上述西夏窟的情形颇为相似。而阿尔寨石窟若干窟顶端刻雕正方格，中间刻有八瓣莲花图案，也正是西夏流行的花砖纹饰。

总体来看，阿尔寨石窟具有重要的研究价值。目前的研究，在某种程度上正在突破单一语言文字学范围，逐渐向佛教文化学、文物考古学、史地学、建筑艺术学和文献比较研究相结合的目标发展。众所周知，佛教文化对于草原文化的崛起和发展，曾起过重大影响。而佛教文化在草原土壤上生根发展，并与草原文化相互影响变通过程的许多细节尚有待于进一步揭示。有关阿尔寨石窟的进一步挖掘和研究，无疑将为北方民族文化史，乃至大漠一带草原文化史的研究，提供丰富的直观材料。