显庆四年（公元659年）九月，以慧辩破解咒术闻名的智琮和尚，应召入朝时，对唐高宗说起，歧州歧阳之南有个阿育王塔，因年代久远，应好加看护才是。高宗说：“你说的，莫非就是前世童子以沙施佛的那个阿育王么？若真是那样，那就是他造的八万四千塔中的一个呀！”智宗说：“详细情况，我也不太清楚，只要把塔中舍利请出，看看可有瑞兆，就悉知了。”高宗说：“好呀，能将舍利请出来，对我大唐是个大善因，那就请你代朕去一趟吧，七天为期，务求圆满。”高宗派朝廷使官王长信陪智琮跑一趟，并拨钱五千贯、绢五千疋，作为给阿育王寺塔的供养。

关于智琮这趟扶风之行的情况，《法苑珠林》里有十分生动的描述，文字也挺通俗易懂，录载于下：

琮与王长信等十月五日从京旦发，六日逼夜方到。琮即入塔内，专精苦到，行道久之，未验。至十日三更，乃臂上安炭火烧香，懔厉专注，曾无异想。忽闻塔内像下，振裂之声，寻声往观，乃见瑞光流溢，霏霏上涌，塔内三像足下，各放光明，赤白绿色，旋绕而上，至于衡角，合成帐盖。
　　琮大喜，踊跃欲召僧看，乃观塔内，侧塞僧徒，合掌而立，谓是同寺。须臾既久，光盖渐歇，舟舟而下，去地三尺不见。群僧方知圣隐。

敕使王长信等同观瑞相，流辉遍满。赫奕烂漫，若有旋转，久方没尽。及旦看之，获舍利一枚，殊大于粒，光明鲜洁，更细寻视，又获七粒。总置盘内，一枚独转绕，余七粒各放光明，炫耀人目。琮等以所感瑞，具状上闻。

敕使常侍王君德等送绢三千疋，令造朕等身阿育王像，余者修补故塔。仍以像在塔内，可即开发，出佛舍利，以流福慧。

又，敕僧智琮初开舍利，二十余人同共下鉴，及获舍利，诸人并见，唯一后不见，其人懊恼，自拔头发，苦心邀请，乃置舍利于掌，虽觉其重，不见如初。由是诸人恐不见骨，不敢睹光。
　　寺东云龙坊人，敕使未至前数日，望寺塔上，有赤色光，周照远近。或见如虹，直上至天，或见光照寺城，丹赤如昼。旦，俱以闻，寺僧叹讶曰：“舍利不久应开，此瑞如贞观不异。”

其舍利形状如上指初骨，长可二寸，内孔正方，外楞亦尔，下平上渐，内外光净，以指内孔，恰得受指。便得胜载，以示大众。至于光相变化，不可常准。于时京邑内外道俗，连接二百里间，往来相续，皆称佛德一代光华。京师慈恩寺僧惠满在塔行道，忽见绮井覆海下一双眼睛，光明殊大，通召道俗同视，亦皆慑然丧胆，更不敢重视。

次年（即显庆五年，公元660年）春三月，皇帝降旨，将舍利迎请到东都的内宫供养一段时候。其时正好有西域来的僧侣奉送佛陀顶骨给大唐，其顶骨高五寸，阔四寸，颜色黄紫。皇帝觉得这一因缘好极了，特将七个京师名僧召进内宫，为迎奉佛陀舍利和顶骨举行佛事。皇后娘娘不惜将自己就寝的衣帐捐舍出来，折价千疋，为舍利打造了极为精致的金棺银榔。舍利在内宫供奉了两年，至龙朔二年（公元662年）佛涅槃日（二月十五日），始送回扶风阿育王塔石室密奉。

自唐高宗之后，又先后有武则天、中宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗、僖宗等当朝皇帝迎奉扶风塔释迦佛真身舍利。至中宗时，将扶风塔改名为“大圣真身宝塔”，将扶风寺改名为“圣朝无忧王寺”，皇帝李显并亲笔题赐。大约到了唐宪宗时，扶风寺塔被称为法门寺塔。唐武宗废佛之时，寺塔被毁，佛陀真身舍利一度隐去，人皆不知所去，至懿宗咸通十二年（公元871年），佛陀真身舍利被九陇山得道高僧益贡章禅师在塔下以法力请出。咸通十五年（公元874年）正月，新登帝位年仅十一岁的的唐僖宗，令将八个月前由其父懿宗迎奉来的佛陀真身舍利送回原塔，并下诏置入塔下石室封存，等三十年以后再开启。

唐僖宗只活了二十六岁就去世，自然不可能再由他来开启法门寺石室，他身后的法门寺亦几经兴废。而石室经他这一封，就一直封了一千一百多年，直到公元1987年，始被挖开，释迦牟尼佛真身舍利乃重现于世，成为轰动现代社会的一件大新闻。