大约也在这一时期，广东沿海渔民发现海上常有神光闪烁，而且越来越亮，就报告了驻扎广州的东南镇守陶侃，陶侃前往详察，发现是一尊漂浮在海上的阿育王像放光，就着人将像迎请上岸，派人送给了武昌的寒溪寺。有一段时候，寒溪寺的寺主僧珍离寺去夏口（在武昌北部）小住，夜梦寺院着火，唯置放阿育王像的屋上有神龙围护。僧珍急急赶回，发现寺院果然着了一场大火，屋宇尽毁，只有供奉阿育王像的屋子安然无恙。后陶侃奉旨调镇，考虑到阿育王像屡现威灵，想把他迎请到新的镇地去，可是几个民工居然抬不动那尊并不算大的像，动用了几十人才勉强抬起，等搬到船上，将船也压沉了！众人吓得赶紧把阿育王像又抬回去。陶侃是个力拔千钧的武将，当时有一首民谣流传于荆楚之间：“陶惟剑雄，像以神标。云翔泥宿，邈何遥遥。可以诚致，难以力招。”不久，净土始祖慧远大师（334－416）在庐山创建东林寺，想把阿育王像请过去，那尊像竟然轻飘飘地自动飞至庐山东林寺！陶侃不得不佩服慧远大师神感及民谣证验。阿育王像的神威在荆楚一带流传愈盛。

再说东晋宁康（公元373－375年）年间，前文所叙的那位由猎户而出家的慧达来到京都，登上城头，环顾城内，见简文帝建于长干寺的三层宝塔独有异色，就晨夕往拜。一天夜里，忽见塔下有光泄出，当即请人开掘，从一丈深的地下挖出三块石碑，正中的石碑下面，埋着一个坚固的铁盒，铁盒里有一精制银函，银函里又有一更精致的金函，金函里放着三颗舍利子、一根指甲及一鬏螺状头发，在夜色中熠熠放光。慧达大喜过望，继几年前在鄮山从地下祈出一尊阿育王小舍利塔后，现在又在京都掘出金银函所盛佛陀舍利及指甲和头发，看来自己昏死中所遇的那个修行者说得不错，自己跟阿育王确有一段特殊因缘啊！虔诚礼拜毕，他发心在旧塔之西建了一座新塔，安放佛陀舍利指甲等物。

东晋太元十六年（公元391年），孝武帝觉得十几年前民间所建长干寺西塔太低，命加为三层，这下，跟文帝所建之长干寺东塔不相上下了。

隋炀帝（公元605－617年在位）时，为镇守淮海，在洛阳敕建日严寺塔，因该寺塔未安舍利，听人说金陵长干寺塔下的舍利极有灵验，便叫人挖出，拿来京都，埋于日严寺塔下。

隋灭唐兴，唐高祖武德七年（公元624年），日严寺被废，僧众散去，其舍利塔无人看护。当时配住在西市南长寿坊崇义寺的十来个僧人，便去日严寺，将塔下的大石函掘出，埋到崇义寺佛堂西南的宝塔下面。该石函内置铜函，铜函内贮当初取自长干寺的舍利三粒、指爪一枚、头发数十根，并杂宝、琉璃古瓶等物。