东晋司空陆玩曾居灵岩山，奉佛闻法，舍宅为寺，迄今已有1700余年历史。南朝梁天监二年（公元503年）扩建为寺院，名秀峰寺。天监十五年（公元516年），智积菩萨“化身开此伽蓝”为灵岩开山祖，粱武帝赐额“智积菩萨显化道场”，成为全国有名的大丛林。

唐代改称灵岩寺，信奉律宗。北宋元丰年间，郡守把灵岩寺辟为禅院，改律宗为禅宗，圆照法师晚年在此住持。南宋初赐韩世忠荐先亲，名“显亲崇报禅院”，由佛海法师住持，明洪武年间赐额“报国永祚禅寺”。弘治年间毁于火灾，清代顺治六年，三峰弟子弘储来寺扩建，称为“崇报禅寺”。咸丰年间又毁于战火。宣统年间一度寺院无主，诸物不存。宣统三年木渎护法请真达为住持，仅存旧屋10余间。

民国十五年，真达和尚预见时机成熟，请印光法师把灵岩山寺开辟为十方净土道场，由禅宗改为净土宗。经印光法师订立寺观五条，灵岩山寺从此得到大规模发展。灵岩净土宗风为之一振，名闻中外。卓绝一代的名师与妙相壮严的宝刹交相辉映，使灵岩山寺成了江南最著名的净土道场。