南华寺面向曹溪，背靠象岭，峰峦秀丽，古木苍郁。庙宇依山而建，殿堂在同一中轴线上，结构严密，主次分明。全寺面积约1．2万平方米。

进入第一道山门曹溪门(又称头山门)后，就是放生池。椭圆形放生池上，建立一座八角形、圆柱挑角、攒尖顶式五香亭。

宝林门是南华寺第二道山门，明嘉靖十三年(1534年)建，清代及1912年重修，门联是“东粤第一宝刹，南宗不二法门”，横批是“宝林道场”。

钟、鼓二楼相对，元大德五年(1301年)建。明清两代及1933年均曾重修，楼分三层，歇山顶，檐角挑起，格子门窗，钟楼顶层悬有宋代铸造万斤铜钟。

天王殿建于明成化十年(1474年)，清代重建，原为罗汉楼，后改为天王殿，殿正中供奉弥勒佛像，后面塑韦驮像，两边塑四大天王像。

大雄宝殿建于元大德十年(1306年)，明清时及1934年重修。殿前有月台，四周回廊，重檐歇山顶，飞檐饰坐狮，顶用双鱼吻，门窗为格子式。殿内正面塑三宝大佛像，每尊佛像高8。3l米，形貌庄严。左右两壁及后壁是泥塑彩绘五百罗汉像，神形怪异。殿后有千人锅，元代铸造，高1．6米，口径2．08米。唇外折，环底深腹。

藏经阁，清康熙六年(1667年)和1933年重修，两层，四周辟廊，单檐歇山顶。