保国寺的谜团吸引了很多专家，他们都提出了一些自己的解释

据保国寺古建筑博物馆馆长余如龙介绍，关于保国寺这些谜团，很多专家来考察后都感到迷惑不解。1975年，人们在维修保国寺大殿时，意外地从换下来的梁柱中发现梁柱的木材有一股刺激性的香味。经化验证明，该木材叫“黄桧”，它含有一种飞禽、昆虫不愿闻的芳香油。他们把一只蜘蛛放在大殿的梁上，不久，蜘蛛就昏迷过去了。后来，又有很多人刻意将蜘蛛放进殿堂，可没多久，这些蜘蛛照样跑得无影无踪了，殿堂里也始终没见过有蜘蛛网。

正因为如此，有专家称黄桧木特殊的气味既能避免被虫蛀，也能让蜘蛛等远远逃开，甚至可能让飞鸟也不愿意接近。

但是为什么在经历了很多年以后，殿堂内仍然没有什么灰尘呢？

也有专家认为，大殿顶上错落有致的斗拱结构里，形成了一个个姿态不同的“风道”。外面的空气一进入大殿，通过这些“风道”在大殿内产生了回旋气流，称之为“旋风”。旋风在大殿内不停地回荡，自然使梁上不容易结存灰尘。而且，这种“旋风”可能产生一种声波，使飞鸟不敢接近。

一位建筑学者发现保国寺大殿其实是个“歪殿”

不过，一些有心人则从整个建筑的外观上来进行分析。在保国寺古建筑博物馆网站上刊登的一篇学术文章上，一位学建筑出身的学者把整个大殿里里外外仔仔细细看了一遍之后，得出了一个全新结论：这个大殿其实是个“歪殿”。

他认为，这个大殿整个是向东北方向倾斜，但东北方有山，因此也算歪着靠在山上，只是因为倾斜角度不大，让人走进大殿后很难感觉得出来。在殿后，隐藏有依山而斜撑殿身的四根木柱，正是这四根斜着支撑的木柱子才使整个殿得以千年巍然不动：由于倾斜，整个结构向东北方向挤压，在自重力的作用下，这反而形成自锁受力，相比于仅是垂直受力状态更加牢固。

正是因为大殿的倾斜，再加上其框架、斗拱、藻井等结构复杂，鸟很难在上面筑巢，鸟蛋容易滚下来，幼鸟也容易摔落，所以即便是千年古刹也很难见到飞鸟。同时，这一种倾斜也让灰尘难以久留，因为殿内南北纵深很长，穿堂风效应明显，所以只要有风就容易把灰尘吹走。至于虫子少，则可能和木质为黄桧相关，散发的香气使虫子难以接近，还可能与斗拱层层而上形成螺旋效应气流有关。如果人把耳朵贴于柱子，确实也能听到如海螺形状镂空的木藻井里不绝于耳的细啸声，虽然很微弱但这对于飞虫已经足够了。没有飞虫，蜘蛛似乎也没有必要在这里结网了，况且它也真的可能受不了黄桧木的味。