清朝的呼和浩特札萨克达喇嘛印务处开设在大召。康熙三十七年(1698年)，康熙任命内齐托因为呼和浩特八大寺掌印喇嘛，并将大召印玺交付给他。内齐托因二世呈请康熙帝，动用自己的庙仓财产修葺大召。当时因大召年久失修，琉璃瓦俱已破损不堪。蒙文《内齐托因二世传》记载：“当时修葺所用琉璃瓦价格昂贵，每块按三钱计算，计用白银五千两。”竣工後，清廷用黄金铸造“皇帝万岁”牌位，交给大召供奉，今天这一金牌仍在大召。这次修建後，大召的主要建筑物再没有发生多大变化。

清朝大召寺的法定喇嘛为80人，由清政府发给身份证或优待证(即“度牒”)。可是到了乾隆、嘉庆两朝，由于对佛教的大力提倡，大召的喇嘛人数和蒙古地区其他寺庙一样，远远超编。据嘉庆二十四年(1816年)呼和浩特喇嘛印务处的蒙文档案记载，当时的大召共有喇嘛187人，与清初的定编超出了107人。
1602—1607年间，蒙古右翼诸部的佛经翻译家们，在此庙将佛教名著《甘珠尔》最先翻译成蒙古文。ゴ笳俚慕ㄖ为藏汉结合式，总面积约三万平方米。分东、中、西三路，中间一路为主体建筑，山门位于南边，上悬“九边第一泉”匾额。相传康熙皇帝路经此地，人马皆渴，他的马能识别地下水源，由马引路，找到了八眼泉井，水质清甜。大殿为木结构，与银佛均为明朝遗物。另有山门、过殿、东西配殿及九间楼等建筑。大殿内耸立着三尊高大的佛菩萨铸像，殿壁上有描写康熙私访明月楼的巨幅绘画。後面是达赖四世、土默特部蒙古人云丹嘉措和达赖五世的塑像，明清两佛像，木雕二龙戏珠，108部《甘珠尔经》，以及铜铸镀金的各种法器、乐器等等。经堂门前阶下，有明天启七年(1627年)铸造的一对空心铁狮，昂首扬威，工艺水平高超。庭院中有一只清朝铸造的铁香炉，上刻蒙古工匠的姓名。