首先，今天我们对宗教的认识无疑不会再像当时的蔡元培先生如此单一，至少显而易见，宗教绝不是简单的迷信。马克思曾用“适应的宗教”来形容基督教，由此可见宗教存在的合理性。宗教是一种特殊的符号形式和思维方式，也是一种自成体系的文化形式。宗教精神的实质应该是人与灵魂的归一与忠实信仰的建立。中国的文化自古以来便缺少真正的宗教基因。我们用民主来处理人与社会的关系，用科学来对待人与自然的关系，却独独忽略了人与灵魂的交流和人对生命终极关怀的需要。而这种交流和需要却是整个人类得以存在的根源所在。将宗教的教化作用完全等同于现代教育的功用，企图用现代教育取代宗教更是不现实的。德国著名自然科学家、哲学家莱布尼茨曾经深刻地慨叹：“为什么有一个世界，而不是没有这个世界？”　“为什么有一个世界”，这是我们至今为止所无法说清的事实。但是只要人类对终极意义的思考不停止，这个问题就必须解决，而能够使人心安或者释怀的只有宗教。换言之，宗教解决的是人心之间科学和哲学无法解决的问题。足见其存在之必要性。

其次，所谓宗教“激刺感情之弊”，在历史上确实存在。中世纪宗教裁判所、伊斯兰护教战争、十字军东征都是宗教弊病的体现，但这些弊病并非宗教的本质所在，而是宗教精神的短暂迷失。宗教对西方社会所起到的积极意义，远比我们认识的深刻。黑格尔曾称北部欧洲的一系列宗教改革运动为“光照万物的太阳”，事实也证明，西方后来居上的资本主义强国，都与这些宗教改革运动有关。甚至整个西方现代文明的哲学起点、逻辑起点、历史起点、文化起点都实际源自宗教文化的力量。而“纯粹之美育”若是不能海纳百川相容宗教，那么“纯粹”也就无从可言。如此说来，宗教“激刺感情之弊”未免以偏概全，有失偏颇。

再者，蔡元培认为，宗教存在着现象与本体的相互冲突。这是对以基督教为代表的西方宗教误读的表现。真正的基督教义追求的是“道成肉身”以及人神合好。中国的宗教亦是如此。譬如佛教，讲求对“万象”和“万相”的内在联系，追求人与人、人与天的自然和谐以及与人灵魂的合一。都可谓“现象”与“本体”紧密贴合之实例。

毋庸置疑，蔡元培“美育代宗教”的理论产生根基在于当时的中国的社会大环境。社会背景决定了生存问题和存在问题的解决重点倾斜向生存而非存在。那是一个灵魂无处安放的时代，也是一个灵魂无人问津的时代。在新文化运动影响下大行其道的科学主义与进步主义思潮，以及德国理性主义与英国经验主义的哲学视角，使中国的知识精英在对西方先进文明靠齐的选择中，把先进的“科学”“民主”列为振兴中华的首要之选，而西方文明的重要组成“宗教文化”却被毅然排除在外。“美育代宗教”成为了一种美学救世主义。我们不得不承认其崇高的社会目的，但也注定是一种“不能承受之重”的美学幻想。

那么，艺术与宗教究竟是什么样的关系呢？我认为，艺术与宗教在某种高度上，是一种握手的关系。美育与宗教的关系在本质上从来就是统一的，艺术借助宗教为载体或者演进、宗教借助艺术为载体或者演进，是二者关系中最正常的姿态。二者同属社会意识形态的顶层，平行前进，绝没有谁可以替代谁的可能。