学堂内设国文、英文、佛学等课程，杨仁山亲任佛学讲席。在教学方法上，杨仁山确立了初（沙弥）、中（比丘）、高（菩萨）三级课程的僧学教育制度，还亲自动手编写了 《佛教初学课本》及《佛教中学课本》。

教员中，最为有名的当属一代奇才 苏曼殊 （ 1884 ～ 1918 ），他在祗洹精舍教授英文。曼殊在文学艺术、佛法研究以及语言上的成就，几乎无人可出其右。他的传奇经历和昙花一般灿烂但短暂的人生，至今为人所乐道。

祗洹精舍的学监是 谛闲法师 (1858 ～ 1932)。法师21岁出家，由天台山国清寺迹端师授记付法，为天台宗第43世。他应请在各丛林讲经，最后住持天台山万年寺。主办过南京僧伽师范学堂及宁波观宗学社（后改为弘法研究社）。著有《教观纲宗讲义》、《大乘止观述记》、《金刚经新疏》、《圆觉经讲义》等，门人辑为《谛闲大师全集》行世。他被尊为中国佛教天台宗中兴之祖。

对 杨仁山 居士的僧伽教育事业给予大力支持的还有一位 月霞法师 （ 1857 ～ 1917 ）。月霞法师是近代的佛教学者、佛教教育家，是最早倡办僧伽教育的人。他曾创办过江苏僧伽师范学堂及华严大学，培育僧才，对后世颇有影响，尤其是华严大学，先后受教者三百 余人，华严奥义，由斯昌明。

在金陵刻经处，较早问学于杨仁山的是维新志士，时任江苏候补知府的 谭嗣同 。1896 年，谭嗣同因见官场黑暗，而随杨仁山学佛。他给人写信说，文会“佛学、西学，海内有名”，又作《金陵听说法诗》，以杨仁山为学佛导师。

值得特别提及的是其门人欧阳竟无和太虚大师，在僧伽教育上接过了恩师的接力棒，各创支那内学院、武昌佛学院，形成宁汉两大学府遥相呼应的态势，为我国二十世纪佛教思想史上两大巨擘，对当时僧伽教育之发展，实有启发和领导作用。我国僧俗界佛学研究之方向，大有唯此两大巨擘马首是瞻之势。杨仁山所建的祗洹精舍其后在欧阳竟无的主持下，发展为二十世纪中国最著名的佛教学院——支那内学院，乃至法相大学，专以校勘经论，弘扬唯识学为宗。其门人桂伯华、欧阳竟无、梅光羲、李证刚、黎端甫、蒯若木以及后来的王恩洋、吕秋逸（澂）等，志虑忠纯，才华卓绝，不仅使绝响千年的法相唯识学重放光华，而且社会名流学者也为其思深义密而折服，如梁启超、汤用彤、梁漱溟、熊十力等均入室听受佛学，章太炎、康有为等亦直接受其影响。

太虚大师对中国佛教的影响极其深远。他提倡改革，注重人才培养，为佛教的未来发展起到了至关重要的作用。

杨仁山 居士于辛亥革命爆发前三天往生，享年 75 岁。

金陵刻经处的事业在欧阳竟无等人的倡导下继续推行。 1915 年 7 月， 鲁迅 先生逐篇逐句仔细校对了高丽本《百喻经》，并出资委托 金陵刻经处刻印出版（一百册），他在书后记下：“以日本翻刻高丽宝本己丑年本校一过，异字悉出于上。”书出版以后，鲁迅即以此书为母亲祝寿，也用以送人， 如 1916 年 5 月的日记，鲁迅曾记下“送朱造五《百喻经》一册”。《百喻经》，又名《百句譬如经》，古印度僧伽斯那著，是佛教寓言作品，南朝齐时由印度僧人求那毗地带到中国，并译成中文。鲁迅亲自校对，并出资刻印，可以想见他对此书极为重视，他这样评论该书：“尝闻天竺寓言之富，如大林深泉，他国艺文，往往蒙其影响。即翻为华言之佛经，亦随在可见。”鲁迅也利用刻印《百喻经》剩余的款项，刻印《地藏十轮经》。

离开金陵刻经处之前，肖主任饱含深情地回忆了赵朴初老居士为保护金陵刻经处所做出的卓越贡献。为了恢复金陵刻经处的刻经事业，赵朴老九下南京，终于圆满。

……

百余年来，这个古老的庭院见证了太多的人与事。

临别，我在 杨仁山 居士墓塔前恭敬地施礼，并暗暗发下一个愿：用我并不出色的笔和绝对赤诚的心为杨仁山公书写一部大传。真希望有更多的人了解杨仁山，了解金陵刻经处，了解在动荡的时代，那些主动担起复兴民族文化的先人们辉煌灿烂的人生。