科学的精神是尊重事实，以上的宗教在现代社会旺盛生命力的现实，促使人们重新思考科学与宗教的关系问题。于是，开始出现了对话中的第三种情况，或者说第三个阶段。很多科学家在他们的科学研究和实践中，从宗教中，包括佛教的教理和思维方法中，获得许多的启迪，从而推动科学研究和实践的发展。这种启迪，笼统地讲也就是人文知识体系的理论和思维方法对现代科学知识体系发展的启迪。

整个近代以来的文化发展历程，我们可以看到这样一个过程，开始的时候是人文学科借用自然科学的方法来解读、研究人文学科中的许多问题，应该说这种科学知识体系方法的引入，在近代人文学科的研究中取得了相当多的成果、成绩。到后来，发展到现在，我们又看到了人文学科对实证科学的巨大影响。人文学科研究中运用的诸如不确定性、随机性、模糊性、非线性等整体、动态的思维方法，被大量地运用到了科学知识体系研究中去。于是，我们的实证科学发展成为了现代科学。我们现在讲的科学与实证科学并不是同一个概念，实证科学强调的是普适性、确定性、可重复性等等，而我们现在科学并不是强调它的普适性、确定性。现在有很多学者提出来一个复杂性科学的概念，而把原来的实证科学称之为简单性科学以示区别。对于复杂性科学这个概念是否准确，恰当不恰当？我不知道。比如，现在有人为了回应否定中医，说中医不科学的一些说法，就说中医不是简单科学，是复杂科学。

同样，我们的宗教文化，现在也有人在把它纳入复杂性科学的概念里面去。这就是把科学性概念扩大了，把科学分成了有简单性科学，有复杂性科学，用复杂性科学解决简单性科学不能解决的问题，我们从科学角度来讲，其实就是它本身的发展过程，从实证科学发展到现代科学。由于我们现代很多人脑子里还停留在实证科学概念下面，所以对很多随机性的科学思维方式，并没有很关注到。我们一讲科学，人们还是以普适性，可重复性来衡量它。我想这个就是科学概念需要在我们脑子里有一个变化，现在的科学确实是从人文知识体系的方法上获得了许多有益的东西。这也正是不少西方科学家讲的，我们从东方传统的文化当中，可以不断获得科学发展的启迪和源泉。

反过来，从佛教方面讲，近代佛教也借用了很多科学的方法来研究，在科学内容中也找到很多可以印证佛法理论的内容。其实，在当今学科已经分化到这样的情况下面，我们不再适宜用一种一统的思维方法去思考这些问题，也就是说，我们的任务是要探索在这个知识多元化的时代中，每一种文化体系或样式怎么样来自我定位的问题。中国的古圣早就说过，我们以以同求同，万物皆同，以异求异，万物皆异。实际上在知识的领域里，就是这样一个问题，在不同的文化体系或样式中我们都可以找到其中的同点，也可以找到其中的异点，因为都是人类的知识。