2005年4月印顺法师因发烧住进慈济医院检查，发现心包膜积水，血压急速下降，医师紧急作心包膜之积水导引手术。手术本身非常成功，可是，对一位百岁老人而言，体力也是一大负担，自此之后，身体日渐虚弱，最后，由于心脏衰竭，于2005年6月4日10时6分圆寂，享寿100岁。6月6日晨，法体由花莲北上绕过台北回到法师在台湾的第一座道场——新竹青草湖的福严精舍。6月11日，于慈济新竹香山联络处举行“上印下顺导师追思赞颂法会”。

印顺法师圆寂后，时任台湾领导人于2005年6月9日颁发“总统褒扬令”：

佛国瑰宝、法门巨将印顺导师，德行醇谨，坚忍刚毅。早年潜心向佛，淹通佛法；旋创办佛学院，陶铸菁莪，弘道安邦。曾多次远赴海外讲学，阐扬佛教教义，屏斥怪力乱神，引绪传薪，八纮向化。

印顺法师平居撰述不辍，大笔如椽，著有《妙云集》等四十余种论作，立意深邃，移风化德；尤以《中国禅宗史》一书，荣获日本大正大学颁赠文学博士学位，天赋高华，蜚英腾茂。

印顺法师毕生尽瘁佛门，提倡“人间佛教”，宣力行菩萨道，净化社会人心，爰有“玄奘以来第一人”令誉，德泽溥乎众生，仁爱播于宇内。晚岁获颁二等卿云勋章，硕德景行，匡时淑世。

综其生平，道崇灵修，法传经藏；瑰意琦行，矩范长存。上寿归真，殊深轸悼，应予明令褒扬，以示政府崇念耆贤之至意。