1578年阿勒坦汗与三世达赖会晤之前，藏传佛教在蒙古的传播出现过二百来年的中断时期，这应是藏传佛教在蒙古地区的一个挫折。佛教在蒙古的传播，一直面临着一个很大的阻力与对手，即蒙古人固有的博教信仰。两个宗教的斗争贯穿于整个传播过程，佛教在《喀尔喀律令》和《卫拉特法典》等统治武器的袒护下，对博教进行迫害，禁止它的传播和存在。

依靠统治阶级的藏传佛教，通过几百年的斗争并未达到清除蒙古博教的目的，即使在21世纪，我们依然能够看到蒙古博教在一些地区的传承。在实际冲突中藏传佛教清醒地认识到：只有与蒙古人原有信仰结合起来才能够真正达到传教弘法的最终目的。于是佛教从蒙古传统文化中吸取了很多文化特质，丰富了自己，改装了自己，形成了不同于原初的，已经蒙古化了的佛教。如改编借用蒙古博教的祈愿经文、吸收博教及其它民间信仰之神祗为佛教万神殿成员，承办祭祀敖包和祭祀天神等传统祭奠仪式等。

1. 蒙译藏传佛教经典

随着藏传佛教的传入，其各类经典也相继传到了蒙古地区。自佛教初传（13世纪初），一些精通于梵、藏语言文字以及佛理的大德或学者就开始了译经工程，如《菩萨修行化生经》《五护经》《金光明经》《苏布喜地》等。这些译文阐释的佛教思想不但对当时蒙古王公产生很大影响，同时也影响了不少蒙古文人墨客。因受佛教熏陶，在他们的著作中也都不同程度地充斥着佛的理教，如搠思吉斡节尔的《佛十二撰》和《摩诃葛剌颂》[①]两部作品。除了一些片断佛教经籍的翻译外，最重要的当是佛教大藏经——《甘珠尔》《丹珠尔》的翻译工程。

《甘珠尔》《丹珠尔》的翻译始于藏传佛教的初传时期。在元大德年间（1297-1307）汇聚于皇都的藏、蒙、回鹘、汉等民族的高僧以及学者奉成皇帝之命，在藏传佛教萨迦派喇嘛帝师扎巴俄色的主持下将藏文《甘珠尔》《丹珠尔》翻译为蒙古文[②]。这一次大藏经的翻译只是一个开端，成就显著的翻译工程是在藏传佛教第二次传入蒙古之后。三世达赖喇嘛与阿勒坦汗会晤之后，1586年三世达赖喇嘛应阿勒坦汗之子僧格都隆的邀请到哈喇慎部弘法传教，他指令随行众僧翻译大藏经的一部分。[③]在翻译中为了准确表达藏语的音节，哈喇慎部的著名译师阿玉喜固锡创造了蒙古文《阿里嘎里字目》。之后，在他的主持下哈喇慎部的僧侣们还翻译了一些佛经经典。在阿勒坦汗引进佛教时，察哈尔部林丹汗也意识到藏传佛教的重要性，为了蒙古统一大业，他认为首先要争取藏传佛教的主要人物，他接受了沙尔巴呼图克图的灌顶皈依了佛门，并下令翻译108函的《甘珠尔》，重新核对、整理元代以来所译经文，补译所缺部分。在这次翻译中共召集了贡噶敖德斯尔等33名喇嘛和学者。于1629年将《甘珠尔》翻译完毕，并用金粉写成，[④]这是蒙古佛教的重要历史事件。

清廷对佛经的翻译更为重视，认为这是藏传佛教传播于蒙古的重要途径。康熙年间，在和硕裕亲王福全主持下，于1717年，净住寺达喇嘛乌拉特顾实毕力衮达赖、阿巴嘎德木楚克、干清门二等侍卫喇喜等高僧学者们，奉皇帝之命将《甘珠尔》再次校审后，汇编成108卷，于1720年完整地木刻印刷。在校译刻印完《甘珠尔》不久，乾隆又下令翻译大藏经的续藏部分《丹珠尔》。在十五世章嘉呼图克图若必多吉的主持之下，噶尔丹锡勒图呼图克图、大顾实阿克旺丹丕勒、唐古特官学总监衮布扎布、西黄寺扎萨克喇嘛却丕勒多尔济、隆福寺扎萨克喇嘛丹森却德尔、净住寺达喇嘛毕力衮达赖以及从蒙古各旗寺院召集到京的二百多名喇嘛学者，共同翻译佛教经典《丹珠尔》。为了在翻译中名词的准确统一，1741-42年间将《甘珠尔》《丹珠尔》的内容提要编写成书，起名为《智慧之鉴》，衮布扎布和毕勒衮达赖两位高僧还编写了蒙藏对照的《藏语便学书》，供翻译使用，《智能之鉴》和《藏语便学书》为翻译《丹珠尔》经提供了很大方便。《丹珠尔》佛经的正式翻译从1742年开始，经7年努力，于1749年将225卷《丹珠尔》翻译校对完毕[⑤]，在北京净住寺印刷发行。至此，蒙古文大藏经《甘珠尔》《丹珠尔》完整地产生了，由于它的编译、校勘、审定是根据北京版藏文大藏经进行的，所以在分类、函数、种类方面与藏文大藏经相同，即108函《甘珠尔》和225函《丹珠尔》，蒙古人习惯上称为“三百三十三”。

在藏传佛教第二次传播期间，除了《甘珠尔》《丹珠尔》佛经的翻译之外还有一些与藏传佛教相关著作的翻译。如，呼和浩特锡勒图顾实绰尔济翻译了《故事之海》；准噶尔的著名宗教活动家、翻译家、学者咱雅班第达在1640-62年间翻译了《金光明经》《贤劫经》《明鉴》《居悉》（又称《四部医典》）等二百余部有关藏文经典以及医学、天文、历史等方面的书籍；18世纪中叶察哈尔格布什罗卜藏楚勒图木翻译了《养生滴》、《萨迦格言》等藏文经典并转写了《宗喀巴传》；1770年阿克旺丹丕勒翻译了《萨仁库库传》；毕力衮达赖从《丹珠尔》中选译了《乌善达喇传》等。

从藏传佛教第一次传入时零星翻译的佛教典籍到第二次传入后开始的全范围译经活动，前后翻译、刻印了许多佛经，其中以大藏经的翻译成就最为显著。经过几代人努力，到了18世纪中叶，大藏经翻译工程终于画了一个句号。蒙古文大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》经的最终完成，对藏传佛教更深入地传播于蒙古地区起到了重要作用。