任何一种文化、一种宗教都是一定时代的产物。在历史的发展中，一种文化、一种宗教要不被时代淘汰，就必须对自己已有的内容和形式作出调整、补充或改造，找到自己在这个时代存在的理由，重新给自己一个定位。

当今时代是一个讲科学的时代，是一个科学占据了话语霸权的时代。所以，什么问题都要被问一个科学不科学。在一些人的心目中，所有的文化、思想只有被证明为是合于理性的、合于科学的，才可以被认同，才有存在的资格。否则，则被视为蒙昧、迷信，以至列为批判、否定的对象。而其中，宗教常常是首当其冲地被科学批判、否定的物件。

之所以出现这种科学与宗教矛盾、冲突的现象，也不是现在才有的，而是有其历史原因的，由来已久。首先，在古代来讲，我们的知识是很混同的，任何一个知识体系都是包罗万象的，象今天我们所讲的“科学”、“宗教”等，在那时完全是混而不分的。然而，随着近代知识文化的发展，知识体系不断地分化，学术的分科也越来越细致。这样就引来了各个学科之间的分野、比较和矛盾，也引来了现在分科知识和传统的混而不分的知识之间关系问题。

其次，西方中世纪是基督宗教占主导地位的文化，它是一种一神信仰的文化，对至高无上的神意志的信仰，排斥人的理性，也排斥由理性发展出来的科学文化。于是在当时就产生了宗教与理性的对立，与科学的对立。因此，当西方社会从中世纪走出来，在冲破基督宗教原先那种独断论文化状况的时候，人们充分强调理性和科学，并且把理性、科学与宗教对立起来。于是，社会开始激烈批判宗教。我们都知道，欧洲17、18世纪，一批战斗的唯物主义者对宗教的批判是非常严厉的。在中国，这个问题的发生是近代以来的事情，特别是五四运动前后的新文化运动，提出来“科学”与“民主”两大旗帜，在中国也开始发生了科学与宗教冲突的问题。在五四前后，社会上成立了一个反宗教大同盟，当时几乎所有的被称为先进的人士，都参与了这个大同盟，对宗教采取一种批判的态度，认为宗教是一种迷信，一种非理性的东西。