《乾隆版大藏经》经版刻成后，先收藏于故宫武英殿，后因刷印不便搬到东城柏林寺存放。十年动乱中，经版被移简易库房中，部分版片受潮变形损毁。1982年经中央批准，经版运到智化寺，由北京市文物局保管。经历了二百五十多年的风风雨雨，其间板片丢失损坏、鼠咬虫蛀在所难免。特别是乾隆皇帝出于政治上的原因，多次下令撤毁经板、追缴经书：第一次在乾隆三十年（1765年），乾隆以钱谦益“不节有亏，实不足齿于人类”为由，下令撤毁钱氏《楞严经疏解蒙抄》，毁版660块；第二次在乾隆三十四年（1769年）乾隆以明永乐“犯顺称兵、阴谋篡夺”为由，下诏撤毁《永乐御制序赞文》等永乐撰著四种，毁版128块；第三次是在乾隆四十一年（1776年），撤毁武则天所撰的《华严经》序文，版片数目不详。“文革”期间，经板更是厄运难逃，多有毁损。这些，给重印工作带来了巨大困难。

底本是刷印古籍时补版、补字和装帧的依据，搜集底本是这次重印工程中困难最大的工作。文物出版社重印本《乾隆版大藏经》的底本，主要从中国佛教协会法源寺、北京佛教协会广化寺、北京市白塔寺文管所三处借得。而最困难的被乾隆撤毁的部分经卷底本则是通过寻访潮州开元寺等处获得。

我社在重新刷印过程中做了大量的整理经板、查对底本、搜集佚书、考订补缺等方面的工作，历时三年，特派专人走访了山西的显通寺、云南的圆通寺、广东潮州的开元寺及浙江南浔嘉业堂藏书楼、云南省博物馆、浙江省图书馆、山西省文物考古研究所、陕西省文物考古研究所、河南省文物考古研究所等全国数十个著名寺院及文物机构，大量补板刻字，修补残缺，为恢复《乾隆版大藏经》做了大量工作，终于补齐了全部曾被抽毁的佛经佚书。

1987年10月，智化寺所藏经版73024块安全运抵北京大兴韩营古籍印刷厂，文物出版社重新调整了社内发稿计画，集中人力，首先对七万多块版片进行整理和校订工作，按千字文字型大小顺序，依次整理排列。经过两个多月的整理，终于理顺了经版的函次和页码，装运入库。1988年1月，我们请来琉璃厂退休老匠师，培训工人、制作专用工具、确定工位，建立了从闯页到过针、光边、折页、裁眉、吹配、齐栏、压边、点粘到粘签等十多到工序的经折装工艺流程，使濒于失传的技术得以恢复和发展。1988年4月正式开印，1990年6月，全部印装完毕。1991年1月，全部经版运交房山云居寺。重印工程圆满结束。