1946年初，巨赞回到了杭州灵隐寺，先后任杭州市及浙江省佛教会秘书长，集中精力对佛教界的现状作了深入考察，为改革佛教作准备。当时国民党浙江省主席沈鸿烈和民政厅长杜伟也曾多次鼓励巨赞草拟改革佛教教务的计划。巨赞以太虚改革佛教受挫和自己的经历，认为在当时条件下侈谈佛教改革，无异是“缘木求鱼”，一直未予置理。在此期间，他一面广览武林方志掌故，考证史实，撰写出版《灵隐小志》，一面与各寺名僧合议筹办佛学院校，与若瓢、会觉等共同创办“武林佛学院”。在巨赞主持佛学院期间，他力主开放式教学。他认为，佛经里明明写着菩萨上求佛道当于“五明”中求，佛学是“五明”中的一明，所以只能占有一周总课时的三分之一，大量学习时间应放在文化知识方面。他说：“文化知识好比水，佛学知识好比船。唯有水涨才能船高；否则陆地行舟，寸步难行。”他鼓励学僧读《红楼梦》、《三国演义》、《水浒》、《儒林外史》等，并认为不读这些书，就不知道什么是世间法，不懂世间法，对于世间法的理解也就无从下手。他将自己的积蓄购买高尔基、托尔斯泰、鲁迅、巴金、老舍、沈从文、叶圣陶等人的作品供学僧阅读。于是武林佛学院读书成风，关心国事成风。到1948年底，终因经费来源断绝，学院被迫停课。

风尘仆仆　迎接解放　　　

武林佛学院停办后，巨赞飘然离杭，往返于港、澳、台、浙，积极配合迎接全国解放。在香港，他会见了李济深、郭沫若、沈钧儒、章伯钧、夏衍、廖沫沙等朋友，大家认为全国不久即将解放，佛教现状势必打破。巨赞也认为，他在《新佛教概论》中的一些改革设想有调整充实的必要。为此他在台湾考察佛教，参访众多寺庙后，写下了《台湾行脚记》（载上海《觉有情》月刊），回到杭州立即草拟改革全国佛教教务计划，赵朴初居士也专程来杭与巨赞磋商，并想秘密召集上海、杭州、宁波各地有进步思想的佛教界人士集会商讨，后因故未成。他还同时受命将李济深托交被国民党软禁在上海的陈铭枢的密信。淮海战役一结束，巨赞再次离杭赴港，陈劭先和李济深夫人吕集义等向巨赞转达了中共潘汉年同志要他草拟新中国佛教改革草案的精神，他欣然承命，将已拟就的改革草案修改后由潘汉年派员送往石家庄中共中央所在地。1949年4月3日，巨赞随李济深夫人北上，廖沫沙等为此发了电报。4月13日抵达北平，又与著名佛教学者周叔迦居士等商讨，以北京市佛教界同仁名义上书毛泽东主席，欢呼民主革命取得伟大胜利，陈述佛教改革的必要，并提出了改革主张，受到李维汉、林伯渠、胡乔木、张友渔等同志的重视和赞许。同时，巨赞就收回广济寺、创办《现代佛学》刊物，筹办中国佛学院、成立中国佛教协会等提出一系列建议。1949年9月21日，巨赞出席了中国人民政治协商会议，并应邀参加了中华人民共和国开国大典。从此他结束了云水生涯，定居北京，在党和政府领导下，在中国佛教协会担任领导职务，致力于佛教界爱国爱教工作，并历任一、二、三、四届全国政协常务委员，他的一些改革理想也逐步得到了实现。